Oktober, november...

Precej novic sem si shranil zadnje tedne, ko je bilo bolj malo časa za pisanje bloga in zdaj je čas, da jih vsaj omenim, saj je čisto jasno, da jih ne bom uspel obdelati tako, kot si zaslužijo.

Že 18. oktobra je Reuters poročal o zanimivih raziskavah na psih. Čeprav je mogoče čudno, toda v začetku 21. stoletja še vedno ni (bilo) povsem jasno, kaj določa barvo dlake pri psih. Zato so raziskovalci s Stanforda analizirali DNA več sto psov in ugotovili, kakšno je molekularno ozadje različne pigmentacije. Nepričakovano se je izkazalo, da barvo dlake uravnava eden od defenzinov. Toda defenzini, vsaj tako so menili doslej, so proteini, ki delujejo kot zaščita organizma pred mikrobi... Nova hipoteza pravi, da naj bi bili defenzini proteini z bolj splošno vlogo pri prilagajanju na spremembe v okolju. Število genov za defenzine je pri živalih zelo različno in morda predstavlja evolucijsko hiter odgovor na spremembe. Morda bo število kopij genov za defenzine pri človeku mogoče povezati z nagnjenostjo k debelosti, z barvo kože, las ali oči. Celotna raziskava bo izšla v reviji Science; zaenkrat je bila objavljena le v spletni verziji (Science Express).

5. novembra so v MIT-jevem spletnem časopisu Technology Review pisali o novih gensko spremenjenih rastlinah, pri katerih namesto toksina proti insektom deluje interferenčna RNA. GS rastline, ki jih sejejo po svetu in so odporne proti škodljivcem, imajo večinoma v svoj genom vključen zapis za enega od bakterijskih toksinov. Kritiki uporabe GS rastlin predstavljajo kot pomemben argument, da so bakterijski toksini premalo specifični in lahko pobijejo tudi vrste žuželk, ki rastlinam ne škodijo, razen tega pa se bo verjetno s časom razvila odpornost proti toksinom. Interferenčno RNA je mogoče načrtati tako natančno, da bi delovala samo proti eni vrsti škodljivcev, zato bi argument nasprotnikov glede nespecifičnosti s tem postal ničen. Raziskave so objavili v novembrski številki revije Nature Biotechnology v dveh člankih (1, 2).

Reuters je 7. 11. objavil prispevek z malo pretiranim naslovom: Določili nukleotidno zaporedje prhljaja, in baje so o tem poročali tudi v Sloveniji. Eden od povzročiteljev prhljaja je gliva Malassezia globosa, ki jo najdemo na lasišču skoraj vsakega človeka, in ki izloča več kot 50 različnih encimov, s katerimi razgrajuje sestavine las in lasišča. Da so prišli do zadostnih količin DNA, so morali namnožiti toliko gliv, pravijo, da bi z njimi lahko okužili 10 milijonov ljudi (gojili so jih v 10-litrskem fermentorju). Šele na osnovi analize genoma so ugotovili, da se gliva lahko razmnožuje tudi spolno. Predvidevajo, da bi na osnovi genomskih podatkov lahko odkrili snov, ki bi bila bolj učinkovita proti prhljaju, kot so sredstva, ki jih uporabljajo danes. Raziskavo so objavili v reviji PNAS - članek je prosto dostopen.

Pa pri nas? Spletni Dnevnik nove enkonomije je 12. novembra objavil kratko vest, da so Združeni narodi pripravili študijo, po kateri naj bi kloniranje ljudi dovolili le v izjemnih primerih za zdravljenje. Vlade bi naj morale pripraviti zakonske okvire za zaščito klonov pred zlorabami, predsodki in diskriminacijo. Mogoče vir ni povsem verodostojen in je gre v resnici za kloniranje ljudi, pač pa za kloniranje človeških celic... na vsak način pa bo težko z zakoni zaščititi klone pred predsodki...

Danes pa sem na multimedijskem portalu RTV Slovenija prebral novico o 'supermiši', ki ne more zboleti za rakom. Te miši naj bi imele 'povečano delovanje gena Par-4', ki naj bi 'imel vlogo v "programu umiranja celic". Če koga tema res zanima, naj si raje prebere kaj več na strani EurekAlert. Bistvo je v tem, da so pripravili transgensko miš, ki je nosila človeški tumorski supresorski gen Par-4 (odkrili so ga že precej nazaj v prostati, a se izraža tudi v drugih tkivih). Supresor je res deloval apoptotično (apoptoza je tip programirane celične smrti) le na rakave celice, na zdrave pa ne in življenjska doba transgenskih miši je bila za nekaj mesecev daljša od kontrolnih miši.

Spet v starih tirnicah

Kot da se razen tekmovanja iGEM ta mesec ne bi nič dogajalo... ne, sploh ni res. Po povratku je bilo precej odmevov, res precej, precej čestitk, od kolegov, sodelavcev, od rektorice, ministrice, celo predsednik vlade nam je čestital (!), telefonirali so ljudje z radijskih postaj in s časopisov, nekaj snemanj za televizije nas še čaka, pa tudi prve predstavitve v živo (predvidoma 3. decembra popoldne na Kemijskem inštitutu).

Najbolj neverjetno je, kako je treba za kratke izjave za medije celotno delo skrčiti na par stavkov, s katerimi je nemogoče razložiti tisto, kar je pri projektu bilo najbolj dodelano. Tako kot se verjetno počuti kdo, ki se spozna na glasbo in mora nekomu brez posluha razložiti, zakaj je klavirski koncert od Rahmaninova taka mojstrovina (nočem reči, da je bil naš projekt takoo dober, ne).

V četrtek, v oddaji Študentski val, je novinarka rekla, da si 'več informacij lahko ogledate na naslovu novebiologije.blogspot.com', kar je pa ravno moj blog... in zdaj naj začnem pisati o drugih stvareh? In ko sem že ravno pri radiu - ali je kdo poslušal intervju z Nejcem Jelenom, ki je bil današnji 'nedeljski gost' v istoimenski oddaji na Valu 202. Novinarka ga je vprašala tudi o obetih, ki jih prinaša sintezna biologija in Nejc je navedel par znanih primerov, kaj se da narediti in kaj so že naredili (v laboratoriju). Pri tem sem se spomnil, da mogoče ljudje res preveč poudarjajo (-mo?), kaj bi bilo mogoče narediti in s tem dajemo lažno upanje, da je vse skupaj samo še stvar par dodatnih poskusov in znašli se bomo v lepem novem svetu. -- Ne bo tako preprosto.

Hvala za čestitke

Vsem, ki ste s komentarji na blogu ali po e-pošti posredovali čestitke celotni ekipi za doseženi uspeh na tekmovanju iGEM2007 se najlepše zahvaljujem.

O osvojenem prvem mestu v kategoriji Medicina in zdravje so poročali številni mediji, več pogovorov s člani ekipe pa bo sledilo konec meseca in v začetku decembra. Predstavitev opravljenega dela načrtujemo za začetek na Kemijskem inštitutu, kasneje pa verjetno še drugod, kjer bo zanimanje za opravljeno delo.

Nekateri komentarji na spletu so tudi kritični, predvsem glede tega, ali je prav, da dobre ideje razkrivamo svetu, namesto da bi jih izpeljali in tržili doma, pojavilo pa se je tudi vprašanje, ali so študentje, ki so pokazali toliko znanja in ustvarjalnosti, za Slovenijo izgubljeni. največ komentarjev je bilo na forumu SloTech, nekaj pa tudi na multimedijskem portalu RTV SLO.

Srečanje raziskovalnih ekip iGEM 2007 je bil doslej največji sestanek s področja sintezne biologije na svetu, saj se ga je udeležilo več kot 550 članov ekip, skupaj pa je v projektih sodelovalo več kot 750 ljudi. Verjetno se bo število ekip v naslednjem letu še povečalo in se približalo številu sto, tako da bo konkurenca še večja, projekti pa še bolj raznoliki kot letos.

Še zadnje javljanje iz Bostona

Tekmovanje iGEM 2007 je končano. Včeraj se je organizatorjem v celoti sesul program, saj so najprej morali zaradi 6 (namesto prvotno predvidenih 5) finalistov predstavitve podaljšati za pol ure, nato pa so sodniki zasedali skoraj eno uro, preden so razglasili skupnega zmagovalca, ekipo Pekinga. Odločili so se tudi, da 2. in 3. mesta ne bodo objavili, čeprav je tudi to bilo sprva načrtovano.

Kljub temu, da nismo ponovili lanskega uspeha - glavne nagrade tekmovanja, smu uspeli v kategoriji z (po našem mnenju) najmočnejšo konkurenco. Premagali smo Berkeley, Princeton in Imperial College in bili deležni veliko podpore in čestitk od kolegov iz drugih ekip in od sodnikov.

Zmagovalci po kategorijah so postali:
Energija: Alberta
Okolje in senzorji: Glasgow
Procesiranje informacij: Peking
Temeljne raziskave: Pariz
Medicina in zdravje: Ljubljana

Rezultati bodo verjetno kmalu objavljeni na strežniku MIT-ja, kasneje pa bodo dostopne tudi vse posnete predstavitve. Naš projekt je predstavila absolventka Biokemije Anja Korenčič.

Zmagovalci v kategoriji

Pravkar so razglasili zmagovalce po kategorijah. Naša ekipa je zmagala v kategoriji Medicina in zdravje, s čimer je dosegla izjemen uspeh.
Trenutno poteka prva od predstavitev šestih finalistov, zelo dobro naučena ekipa UC Berkeley prestavlja projekt Bactoblood, umetne krvi na osnovi sinteznobioloških sprememb bakterij E. coli.

Slovenija v finalu !

Komisija je razglasitev finalistov prestavila za pol ure, nato pa objavila namesto 5 kar 6 finalistov. To so: UC Berkeley, Pariz, Peking, Slovenija, UCSF (Kalifornijska univerza San Francisco) in USTC (Kitajska univerza za znanost in tehnologijo). Finalisti svoje predstavitve ponovijo jutri za vse udeležence, nato pa komisija odloči o zmagovalcu. Čeprav so najprej načrtovali, da se iz vsake kategorije v finale uvrsti samo ena ekipa, sta iz naše v finalu dve, naša in ekipa UC Berkeley, Imperial in Princeton pa lahko upata na visoko uvrstitev v skupini.
Ne glede na jutrišnji rezultat lahko rečemo, da smo dosegli še en velik uspeh !

iGEM 2007 - po predstavitvah skupin

Tako, predstavile so se vse sodelujoče ekipe, trenutno pa poteka razprava ob postrih. Čez pol ure bodo razglasili pet finalistov in mislim, da nobena ekipa ne more kar vnaprej biti prepričana, da se bo uvrstila med peterico.

V naši skupini je verjetno največ pozornosti bila deležna skupina iz Berkeleya, ki je pripravila bakterije z lastnostmi eritrocitov - te naj bi bilo mogoče uporabiti kot nadomestilo za kri v razmerah, ko do krvi ni mogoče priti. Sicer je vprašanje toksičnosti za organizem po našem mnenju še vedno nezadovoljivo rešeno, a je vprašanje, če se tega res vsi zavedajo.

Tako kot lani so naša resna konkurenca Princeton in Imperial College, ki sta predstavila dobro zastavljena projekta, a pri Princetonu malo zmanjka pri rezultatih, Imperial pa je mogoče brcnil v prazno, ko je razvil brezcelični testni sistem na osnovi sintezne biologije, s katerim bi bilo mogoče zaznati infekcije sečnih katetrov. Tak test bi se verjetno dalo izvesti enako učinkovito s klasičnimi biokemijskimi pristopi.

Naša predstavitev je bila dobra; dvorana je bila nabito polna in mislim, da je velika večina razumela bistvo doseženih rezultatov. Teh je gotovo precej več kot lani, ko smo zmagali, vseeno pa je vprašanje, kaj bo to prineslo v letošnji konkurenci, odprto. Ob našem postru je bila velika gneča, saj predstavitev dopolnjujejo modeli na magnetni plošči, ki omogočajo lažjo razlago postopkov, ki smo jih izvedli. Smo tudi edina ekipa, ki ima poster natisnjen na tkanino... Odmevi na naše delo v pogovorih s člani drugih ekip so zelo pozitivni, sodniki pa se bodo odločili po svoje.

Če ne prej, se oglasim jutri po tukajšnjem času, ko bo znano, kdo je zmagovalec letošnjega tekmovanja iz sintezne biologije iGEM.

iGEM 2007 - pozdrav s tekmovanja

Oglašam se z dopolodanskih predstavitev študentskih raziskovalnih projektov, kjer trenutno potekajo predavanja v petih vzporednih skupinah. Naša ekipa se bo predstavila šele ob 17h, tako da še nismo prav na trnih...
Pravkar smo spremljali predavanje ekipe Inštituta za regenerativno medicino, v kateri sodelujejo študentje s Stanforda in Berkeleya v Kaliforniji. Za temo so si izbrali regeneracijo srčne mišice po infarktu in pri svojem delu uporabili nekaj podobnih pristopov kot mi. Glede na to, kaj smo o njihovem delu vedeli pred odhodom, so pozitivno presenetili.

Ocenjevalci ne prizanašajo z vprašanji... v posamezni sekciji sta dva ali trije in videli bomo, ali smo se dovolj dobro pripravili na razpravo.

Lep pozdrav vsem obiskovalcem bloga; tokrat prvič v realnem času!