... in je tu 2010

Če ste mislili, da je blog zamrl - ni zamrl, se je pa malo umiril... Enostavno se je nabralo veliko rednega dela, načrtovanja, sestavljanja idej... tako da je novo leto prišlo prav na hitro in potihem.

Če je še kje kdo, ki kdaj pogleda na te strani, mu želim veliko uspeha v letu 2010, pa od časa do časa le malo poglejte, če je kaj novega!

Predstavitev raziskovalne naloge s tekmovanja iGEM 2009

V petek, 11. decembra 2009, bo ob 13. uri v veliki predavalnici Kemijskega inštituta predstavitev raziskovalne naloge, s katero so se študenti Ljubljanske univerze predstavili prejšnji mesec na tekmovanju iGEM v Cambridgu (ZDA).

Raziskave so opravljali čez vse poletje in praktično do odhoda na tekmovanje iz sintezne biologije, ves čas pa so delali pod mentorskim vodstvom sodelavcev Laboratorija za biotehnologijo Kemijskega inštituta.

Čeprav jim ni uspel preboj v finale, so za uspešno opravljene naloge prejeli zlato medaljo. Glede na izredno obsežno delo, ki so ga opravili, bo predstavitev gotovo zanimiva. Naslov predavanja je nanoBRICKs[pro] - nanomateriali nove generacije od nano do makro.

Nagrajena dva molekularna biologa

Na razglasitvi dobitnikov letošnjih Zoisovih nagrad in priznanj sta bila danes med nagrajenci dva molekularna biologa. Priznanje je dobila Damjana Rozman, ki vodi Center za funkcijsko genomiko in biočipe na Medicinski fakulteti Univerze v Ljubljani.
Zoisovo nagrado pa je prejel Roman Jerala, ki vodi Laboratorij za biotehnologijo na Kemijskem inštitutu. Njegova skupina je v zadnjih letih dosegla odmevne uspehe na področju prepoznavanja patogenov in mehanizma obrambe pred okužbami.

Zmagal je Cambridge

Zmagovalec letošnjega tekmovanja iGEM je ekipa univerze Cambridge. V svoji raziskovalni nalogi so pripravili dva kompleta biokock za pripravo biosenzorjev. Bakterije (imenovali so jih E. chromi) se odzivajo na različne koncentracije snovi v okolju na tak način, da ob prisotnosti višje koncentracije snovi spremenijo barvo. Na osnovi barve bakterijskih kolonij lahko brez posebne opreme ocenijo, kakšna je koncentracija te snovi. Da so dosegli ta cilj, so morali razviti koncentracijsko odvisen sistem za sintezo mRNA (občutljivostni tuner) in izražanje treh različnih barvil v bakterijah (barvni generator), s čimer lahko generirajo sedem različnih barv.

Ekipo je sestavljalo 7 študentov prvih treh letnikov študijev inženirstva, biokemije, fizike in genetike in 6 mentorjev. Pripravili in posredovali v register bioloških delov so nekaj čez 20 konstruktov, kar morda ni veliko, so pa med njimi nekateri zelo veliki sestavljeni sistemi s preverjeno funkcijo.

Za svoje delo so pridobili kar 20 sponzorjev, z zmago pa so pripravili lepo darilo svoji univerzi ob 800-letnici obstoja. Mimogrede, naša univerza letos praznuje 90-letnico :-)

-------------
(3.11.) Drugo mesto je zasedla ekipa Heidelberga, tretja pa je bila Valencia. Kot je bilo pričakovati je v kategoriji, kjer je nastopala tudi ekipa Slovenije, prvo mesto zasedel Imperial College London, naše ekipe pa ni niti med dobitniki posebnih nagrad. Upam, da bo po povratku ekipe vseeno kakšna predstavitev rezultatov, ki so jih dobili naši študenti med raziskovalnim delom na Kemijskem inštitutu.

Znani finalisti na iGEM 2009

Pravkar sem na blogu Synthesis prebral, kdo so letošnji finalisti tekmovanja študentskih ekip iz sintezne biologije. To so ekipe univerz Cambridge (okolje), Freiburg (reagenti, kategorija Temeljne raziskave), Groningen (okolje), Heidelberg (biokocke za sesalske sisteme, kategorija Osnovne raziskave), Imperial College London (usmerjanje učinkovin v črevesne celice) in Valencia (kvasovke, ki se odzivajo na svetlobo, kategorija Nove aplikacije). Presentljivo je, da so vse ekipe v finalu z evropskih univerz.

Ni čudno, kot pravi Rob Carlson, da so se ocenjevalci včeraj zvečer prerekali dolge ure, saj je bilo nekatere igre v ozadju čutiti že pretekla leta. Razglasitev finalistov so opravili šele danes zjutraj, imena ekip pa so se pojavila (foto: KU Leuven) na velikem platnu dvorane Kresge v kampusu MIT-ja.

Žal slovenske ekipe ni med finalisti, čeprav je iz opisa njihove naloge jasno, da so opravili ogromno dela. V kategoriji Načini priprave (Manufacturing) je v finale prišla ekipa Imperial Collegea iz Londona, ki je tudi najresnejši kandidat za osvojitev prvega mesta v tej kategoriji. Še vedno pa to ne pomeni, da 'naši' ne bodo dobili nobenega priznanja - najverjetneje bodo dobili zlato medaljo za izpolnjene vse predpisane naloge, mogoče pa še kaj več - počakajmo še par ur...

iGEM 2009 je pred vrati

Letošnje srečanje študentskih raziskovalnih ekip s področja sintezne biologije bo potekalo med 31. oktobrom in 2. novembrom na univerzi MIT v Cambridgu v ZDA. Med več kot stotimi ekipami, ki so dokončale svoje naloge (vsi povzetki so zbrani na enem mestu), je tudi tokrat slovenska ekipa. Za razliko od preteklih let, ko so naši študenti obravnavali tele s področja biomedicine, so se tokrat odločili za nalogo z drugega področja, nanomaterialov. Predstavitev dela slovenske ekipe je na sporedu kot zadnja v nedeljo pozno popoldne po lokalnem času. Tudi letos bodo izbrali šest finalistov, ki se bodo ponovno predstavili v ponedeljek dopoldne.

Ekipa študentov ljubljanske univerze je pod mentorstvom sodelavcev Kemijskega inštituta pripravila projekt z naslovom 'nanoKocke [pro]' (nanoBricks [pro] - think outside the box]) s temeljito spletno predstavitvijo. Gre za pripravo pametnih sintetičnih nanomaterialov, ki so sposobni samozdruževanja v mikroskopske sestavljene strukture. Osnovo predstavljajo peptidi in proteinske domene, kar je doslej veljalo za nepraktično, saj je lažje oblikovati nanostrukture na osnovi nukleinskih kislin. Ekipa pa se je odločila ubrati na videz težjo pot, saj je menila, da imajo proteini nekatere nezamenljive prednosti pred nukleinskimi kislinami, tako da je DNA uporabila samo kot zapis za proteinske module, ki so jih poimenovali nanoKocke (po analogiji z bioKockami, osnovnimi genetskimi elementi, ki jih v sintezni biologiji sestavljamo v nove funkcije).

Na ravni proteinov je osnovna nanostruktura polipeptidna veriga, zvita v obliki obvitega klobčiča. Z združevanjem tovrstnih elementov nastanejo čvrste paličaste strukture, nanje pa lahko vežejo bolj fleksibilne elemente, ki delujejo kot zglobi, tako da se nastale verige lahko povezujejo v ploska ali poliedrska tridimenzionalna omrežja (nanoškatle). S tako pripravljenimi proteinskimi agregati so pripravili membrano za ultrafiltracijo, s katero je mogoče filtrirati viruse.

Razen tega osnovnega projekta so raziskave privedle še do nekaterih drugih rezultatov, ki jim jih bo, upam, uspelo ustrezno vključiti v predstavitev.

Sponzorirajte znanstvenka

Ne vem, ali je šlo za poskus iz obupa, iz naivnosti ali iz prepričanja, da je mogoče na eBayu dobiti vsaj 25.000 USD za raziskovalno delo enega mladega raziskovalca, ki bi eno leto delal na genetskem inštitutu v ZDA. Morda pa je šlo samo za inventiven način promocije, saj verjetno pred tem ni veliko ljudi slišalo za organizacijo SHRO (Sbarro Health Research Organization). Ta organizacija v resnici samo zagotavlja sredstva za Sbarrov inštitut za raziskovanje raka in molekularno medicino v okviru univerze Temple v Filadelfiji in očitno dobro skrbi za lastno reklamo. Nenazadnje so januarja lani odprli svoje prostore tudi v Second Lifu, ki jih je seveda opremilo specializirano računalniško podjetje. S poskusom dražbe za štipendijo, ki bi jo lahko najboljši ponudnik poimenoval po sebi ali svojih bližnjih, se je SHRO predstavil širši skupnosti, saj je o dražbi kot o zanimivosti poročal celo Nature.

Ne glede na to, kako uspešni so bili tokrat (dražba na eBayu se je že iztekla), je v tujini mogoče zbrati dovolj privatnih sredstev za raziskovalno delo. Ista organizacija bo tako na primer naslednji teden odprla nov raziskovalni center. Po drugi strani pa smo te dni lahko brali, da je mogoče biotehnološko raziskovalno-razvojno podjetje z malo iznajdljivosti in ob pomoči prijateljev v najeti garaži odpreti s 40.000 USD - in ne samo odpreti, baje tudi uspešno poslovati, kot poroča The Scientist.