Od danes gradnja nove fakultete v živo!

Po mnogih (premnogih) letih načrtovanja, pozabe, ponovnega načrtovanja, dodelovanja načrtov, pogovarjanja z Evropsko komisijo, dopolnjevanja vlog za sofinanciranje, izbiranja projektantov in gradbenikov... je danes končno prišel dan, ko so minister, ljubljanski župan, rektor Univerze v Ljubljani in dva dekana prepričani, da se ne more skoraj nič več zgoditi in da nova fakulteta res bo.

Skoraj točno opoldne je minister Žiga Turk, po stroki gradbenik, brez čelade in rokavic, formalno in uradno otvoril gradnjo novih stavb Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo in Fakultete za računalništvo in informatiko.

Šlo je samo še za dotik ekrana tabličnega računalnika, ki je na veliki digitalni zaslon nad odrom poslal posnetek gradbišča. Od tega trenutka dalje naj bi vsak (od doma ali iz Bruslja) lahko spremljal, kako potekajo dela in kako se porablja denar. Celotna naložba, ki naj bi presegla 115 milijonov EUR, je tričetrtinsko financirana iz evropskih sredstev, dokončana pa naj bi bila do konca leta 2014. Recimo, da tokrat verjamemo, da se bo to res zgodilo. Rektorju se je kar samo smejalo.

Za našo katedro bodo novi prostori pomenili izboljšane prostorske in organizacijske zmožnosti za izvedbo predavanj, seminarjev in vaj ter seveda za učinkovitejše pedagoško delo, hkrati pa bi se (po približno 40 letih) spet znašli pod isto streho kot ostale katedre naše fakultete. Ker pa bo od zadnjih temeljitih zasnov fakultetne stavbe do vselitve minilo približno 10 let, se zna zgoditi, da bomo tudi novo stavbo prerasli hitreje kot bi si želeli.

Univerza je objavila o novogradnji obširnejše gradivo, zgibanko in galerijo z otvoritve, kako delo napreduje, pa si lahko ogledate v živo (lahko da ne deluje z Internet Explorerjem, in morda vam bo upočasnilo delovanje računalnika).

Slovenska kvasovka: Ajdovščina, Lund, ZDA

Univerza v Novi Gorici je danes objavila novico o določitvi genoma prve "slovenske" kvasovke, ki jo sistematika uvršča v biološko vrsto Dekkera bruxellensis. Novica se nanaša na članek, ki je v preliminarni verziji že dostopen na spletni strani revije International Journal of Food Microbiology. V njem avtorji iz 7 ustanov, med njimi je navedena tudi Univerza v Novi Gorici, poročajo o nekaterih zanimivih lastnostih genoma kvasovke, ki je pomembna pri sintezi fenolnih snovi pri pripravi vin. Z UNG prihaja samo prvi (in hkrati vodilni) avtor članka, Jure Piškur, ki je sicer profesor na Univerzi v Lundu na Švedskem, dodatno pa je zaposlen v Centru za raziskave vina, ki je tako kot Visoka šola za vinogradništvo in vinarstvo lociran v Ajdovščini in je del UNG.

Članek z naslovom 'Genom vinske kvasovke Dekkera bruxellensis predstavlja orodje za raziskovanje njenih s hrano povezanih lastnosti' (The genome of wine yeast Dekkera bruxellensis provides a tool to explore its food-related properties) obravnava pregled osnovnih lastnosti genoma te kvasovke. Iz seznama avtorjev in ustanov je mogoče sklepati, da so nukleotidno zaporedje določili na genomskem inštitutu ameriškega Oddelka za energijo (to je nekakšno ministrstvo za energijo ZDA). Vseeno pa je zaradi prof. Piškurja ta genom na nek način lahko tudi 'slovenski', čeprav delo ni bilo neposredno opravljeno v naših laboratorijih. Po hitrem pregledu zbirk znanstvenih člankov kaže, da so doslej avtorji s slovenskih ustanov sodelovali le pri določitvi virusnih genomov, ti pa so tudi več kot stokrat manjši od genoma kvasovke.

Pri alkoholnem vretju večina verjetno misli, da lahko poteka samo ob prisotnosti 'navadne' kvasovke Saccharomyces cerevisiae. Vinarji res lahko kupijo selekcionirane kvasovke, ki so izbrane za posamezne tipe vina (sorte grozdja), obstajajo pa tudi bolj univerzalne kvasovke za različne vrste grozdja, pa tudi za drugo sadje (za sadna vina). Številni poznavalci menijo, da je bolj prav za pripravo vina uporabiti kvasovke, ki so naravno prisotne na grozdnih jagodah v času trgatve - in te tako ali tako pridejo v proces vretja. Tako torej alkoholno vinsko vretje običajno poteče zaradi prisotnosti različnih vrst kvasovk in Dekkera ima pri tem lahko dvojno vlogo. Po eni strani daje številnim rdečim vinom nekatere aromatične vonje preko želenih hlapnih fenolnih spojin, po drugi strani pa lahko sintetizira molekule, ki jih zaznamo kot neprijetne vonje in s tem pokvarijo vino. Zanimivo je, da ene oziroma druge sintetizirajo bakterije iste vrste, a različnih sevov (15. junija bo v isti reviji izšel članek, pri katerem je prav tako eden od avtorjev dr. Piškur in v njem predstavljajo metodo za razlikovanje med sevi).

Dekkera in Saccharomyces se torej znajdeta v enakem okolju, oba omogočata v anaerobnih pogojih nastajanje etanola do dokaj visokih koncentracij, vseeno pa sta si genetsko precej različni kvasovki. S tem, ko so določili celotno nukleotidno zaporedje genoma, velikega približno 13,5 milijonov baznih parov, so lahko natančneje ugotovili raven sorodnosti in verjetno evolucijsko pot. Izkazalo se je, da je Dekkera bolj podobna metilotrofni kvasovki Pichia pastoris kot pivski kvasovki. Iz genoma je bilo mogoče tudi razbrati, kako so se razvili encimi, ki omogočajo razvoj aromatičnih fenolov. V evoluciji dekere je prišlo do večkratne duplikacije gena za alkohol dehidrogenazo in podobnih genov, ki so povzročili drugačen metabolizem alkoholov in sintezo fenolnih snovi.

Maj 2012

Čeprav se mi je marca in aprila zdelo, da kar ni kakšnih velikih bio-novic, je maj prinesel kup novosti z različnih področij biologije. A bil je čas za dopust (junija so izpiti), za pisanje recenzij, zdaj je čas za korekture diplom, vmes pa vedno kaj, da zmanjka volje in časa za pisanje o biologijah.

U, in še ena novica, en droben žarek upanja: risati moramo pohištvo v laboratorijih v stavbi nove fakultete, za katero so prejšnji teden podpisali pogodbo o gradnji. Mogoče je čudno, da moramo profesorji risati skice pohištva, ampak kaže, da drugače pri nas ne gre.

V tem maju je bila ena od velikih novic tista o dveh paraliziranih pacientih, ki sta sodelovala v projektu BrainGate in sta po opravljenem posegu lahko, včasih bi rekli 'z močjo svoje misli' upravljala robota. Fascinaten je video, v katerem 58-letna pacientka, ki zaradi možganske kapi že 15 let ne more premikati  rok in nog, zdaj vodi robotsko roko tako, da ji ta poda vrč s kavo, tako da lahko sama pije po slamici. Gre torej za zahtevno premikanje roke v več smereh, z nagibanjem in postopnimi preciznimi gibi.

Kako je mogoče upravljati naprave samo s tem, da mislimo, kaj naj počnejo? Ni preprosto. Pacientoma so v motorični korteks, tisti del možganske skorje, ki je odgovoren za gibanje, vstavili elektronsko vezje, veliko nekaj kvadratnih milimetrov, ki je zajemalo živčne impulze in jih nato po žicah prenašalo v računalnik zunaj telesa. Ta računalnik je interpretiral impulze in jih pretvarjal v signale, ki so upravljali robotsko roko.

Čeprav so pred tem na podoben način že testirali prenos signalov iz opičjih možganov, je tokrat prvič, da so elektronsko vezje vstavili v človeške možgane in ga uporabili za opravljanje koristnega dela, ki bi lahko nekoliko olajšalo življenje paraplegikov. Mogoče se zdi še vedno kot znanstvena fantastika, a ni.

Naslednji teden pa o mikrobih, ki so jih našli globoko pod zemeljskim površjem v ilovici, za katero so mislili, da ne omogoča preživetja nobenemu aerobnemu organizmu.

Nedeljska gostja

Ste zamudili današnji pogovor z nedeljsko gostjo na Valu 202? Gostja je bila Vita Majce, biokemičarka, ki je doktorirala letos z raziskovalno nalogo, ki je bolj s področja organske kemije, v nalogi pa je obdelala sintezo spojin z antibiotičnim učinkom. Na fakulteti se je spomnimo po igranju saksofona v študentskem orkestru in po visokih ocenah. Pred kratkim je prejela mednarodno štipendijo za dvoletno raziskovalno delo. Opravila ga bo v tujini, saj v Sloveniji ni našla zaposlitve za polni delovni čas, je omenila.

Oddajo lahko ponovno poslušate na spletu.

Biomolekularec.si

Zdaj gre zares!
Dogodek, ki sem ga že napovedal, lahko zdaj predstavim nekoliko podrobneje. Prejšnji teden smo obvestili vse slovenske učitelje biologije in (upam, da tudi) kemije, ki berejo e-pošto in spremljajo spletno učilnico (kemiki), obvestilo je izšlo v e-novicah Zveze za tehnično kulturo in poslali smo vabila dekanom, da predstavijo svoje študijske programe s področja molekularnih ved o življenju. Naslednji teden obvestimo še člane strokovnih združenj in študente.

Prireditev bo namenjena vsem, ki jih zanimajo molekularne bioznanosti in bi radi zvedeli kaj novega - in to enkrat za spremembo na razumljiv način, v slovenščini in brez pretiranih podrobnosti. Pridete lahko srednješolci (nekaj predznanja biologije bo prav prišlo in kemije ne smete ravno sovražiti), študentje, doktorandi, mladi raziskovalci, raziskovalci kar tako, znanstveni svetniki, profesorji in asistenti, mame in očetje, tete in stari starši, skratka vsi, ki si želite preživeti uro ali dve ali ves dan v družbi z molekularnimi biologi, biokemiki, mikrobiologi, biologi,...

Vse skupaj se bo zgodilo 27. septembra v veliki predavalnici Biotehniške fakultete ljubljanske univerze, začetek pa je predviden ob 9h. Dan bomo zaključili s skupščino Slovenskega biokemijskega društva, ki je organizator dogodka. Poimenovali smo ga Dan biomolekularnih znanosti, vse o prireditvi pa lahko zveste na spletni strani biomolekularec.si.

Osrednji del prireditve bodo predavanja z različnih področij molekularnih ved o življenju. Predavanja bodo dolga le po 6 minut (in 2 minuti za razpravo), tako da boste lahko spremljali čim več raziskovalnih nalog, nobena pa vas ne bo mogla dolgočasiti. Organizirali bomo tudi pogovore z raziskovalci in univerzitetnimi učitelji, ki vam bodo gotovo povedali kaj novega in zanimivega.

Kot rečeno smo povabili dekane 14 fakultet vseh štirih slovenskih univerz in upam, da se bodo odzvali in predstavili svoje študije. Tako bodo srednješolci lahko dobili informacije o vpisu, študiju in vsem ostalem, kar jih bo zanimalo.

Če bi radi predstavili svoje raziskovalno delo, svojo idejo za raziskavo, svoj pogled na molekularne raziskave življenja,... se prijavite do 15. junija. Vsi, ki bi želeli samo priti in spremljati prireditev, se lahko prijavite do začetka septembra. Takrat bo znan tudi program prireditve, v tednu pred prireditvijo pa bomo na spletu objavili še zbornik povzetkov.

Računamo na širok odziv in solidno udeležbo, tako da bomo, upam, z optimizmom podoben dogodek organizirali ponovno čez dve leti.

Študenti biokemije o RNA-interferenci

Letošnja tema seminarjev pri predmetu Molekularna biologija v 2. letniku študija Biokemije je bila RNA-interferenca. Ravno včeraj smo zaključili s seminarskimi predstavitvami in če koga tema zanima, si lahko prebere vseh 15 povzetkov na wikiju naše fakultete.

Zvrstile so se naslednje predstavitve:

1. Raziskave, ki so privedle do odkritja RNA-interference
2. Odkritje kratke interferenčne RNA (siRNA)
3. Odkritje encima 'dicer' 
4. Odkritje mikro-RNA (miRNA) 
5. Odkritje kratke lasnične RNA (shRNA) 
6. Odkritje in delovanje nukleaze Drosha 
7. Prvi poskusi zdravljenja z RNAi 
8. Odkritje aktivacije genov z malo RNA (RNAa) 
9. Evolucijski pomen RNAi 
10. Odkritje in delovanje kompleksa RISC
11. Pomen RNAi kot obramba pred virusi in transpozoni
12. Posebnosti in primeri RNAi pri rastlinah 
13. Klinični preizkusi z učinkovinami na osnovi RNAi 
14. Biotehnološka uporaba RNAi 
15. Možni pristopi k zdravljenju raka z RNAi 

Avtorji seminarjev so navedeni na zavihku 'komentarji' vsakega od povzetkov.

Ponovno se je izkazalo, da je RNA-interferenca zelo pomembno poglavje v molekularni biologiji, učbeniki pa ne utegnejo slediti napredku na tem področju. Če smo do nedavnega verjeli, da o aktivnosti genov odločajo predvsem proteini, je vse bolj jasno, da so kratke molekule RNA (ki so zapisane v tistem delu genoma, za katerega so včasih mislili, da nima nobene posebne funkcije) izjemno pomembne za uravnavanje izražanja genov. Hkrati bo morda v naslednjih letih možna diagnostika bolezni na osnovi kratkih molekul RNA, te molekule pa bodo tako potencialna zdravila kot tarče zdravil.

Arzen vendarle ne more graditi DNA

Dobro leto nazaj se je pojavila novica (ki ji številni niso verjeli), da naj bi v Kaliforniji našli bakterijo, ki namesto fosforja uporablja arzen celo za gradnjo makromolekul, tudi prenašalk genetskih informacij. Ali bakterija GFAJ-1 res zmore nekaj tako nenavadnega in bi zato lahko kazala na možnost življenja v vesolju tudi v odsotnosti fosforja? V članku, ki so ga raziskovalci ameriške vesoljske agencije (NASA) objavili v reviji Science, so trdili, da zmore.

Kot sem takrat napovedal, je zgodba naravnost klicala po natančnejši biokemijski analizi. Med najglasnejšimi kritiki prvih poskusov, ki so vodili do objave novice o nenavadni bakteriji, je bila Rosie Redfield z Univerze Britanske Kolumbije (UBK) v Kanadi. Odločila se je, da bo preverila vsebnost arzena v bakterijah in s tem potrdila ali ovrgla objavljene rezultate. Glede na to, da je bil članek v reviji Science sprejet v objavo po temeljiti recenziji, se je ob dvomu v veljavnost objavljenih rezultatov pojavil tudi dvom v realno težo recenzij in v recenzijski postopek v celoti. Čeprav je revija, ki je objavila članek, sprejemala komentarje in jih sproti objavljala na spletu, to lahko le delno odtehta morebitno slabo recenzijsko delo.

Posledica nezaupanja v recenzijski postopek je bila, da je Rosie Redfield svoje raziskave objavljala na blogu (večina rezultatov je od pred 20.1.2012). Čeprav so bili poskusi resno zastavljeni in so pri njih sodelovali raziskovalci z UBK in drugih univerz, delo ni potekalo zelo intenzivno. Vseeno pa je zaključek raziskave dokaj jasen: arzena v DNA bakterije GFAJ-1 praktično ni. Gojenje je potekalo v pogojih, ki so bili kolikor se da podobni tistim v Nasinih poskusih. Analiza vsebnosti arzena pa je bila drugačna, saj so DNA očistili z ultracentrifugiranjem in nato preverili, ali je arzen vezan na DNA - in ni bil. Po tem, ko je strokovna javnost že bila seznanjena s ključnimi rezultati, so se na UBK odločili poslati članek v objavo v revijo Science, hkrati pa je delovna verzija objavljena na javnem strežniku arXiv.com in je na voljo za nadaljnje komentarje (preko bloga od 1.2.2012).

O kontrolnih poskusih in dvomih v pravilnost objave v reviji Science je z veseljem pisala konkurenčna znanstvena revija Nature, ki je sproti obveščala o napredku poskusov. Avtorji prvotne objave (bilo jih je 11) so se zavili v molk, edino prva avtorica se je večkrat oglasila. V glavnem pa je izgovor, da je nemogoče komentirati delne rezultate, ki niso objavljeni v znanstveni reviji in niso šli skozi recenzijski postopek...