21. jul. 2011

New York vabi univerze

Newyorški župan je na poslovni konferenci o prihodnosti mesta (19.7.) nagovoril udeležence in v svojem govoru omenil, da je mestna uprava objavila poziv univerzam, da kandidirajo za gradnjo novega univerzitetnega središča, ki bi pokrivalo področja znanosti (naravoslovja) in inženirstva.

Za novo visokošolsko središče bo mesto zagotovilo brezplačno mestno zemljišče in še do 100 milijonov USD sredstev, ki jih bo vložilo v infrastrukturo. Razlog, zakaj so se odločili za tako donacijo, je preprost. Kot je povedal župan Bloomberg, se mesto zaveda, da so univerze zelo pomembne za prihodnost mesta.

Zanimanje za gradnjo novih univerzitetnih stavb so izrazile številne ameriške univerze, pa tudi nekatere univerze iz drugih delov sveta. Tako si mesto obeta, da bo s svojim vložkom prišlo do vrhunske inštitucije (ki bo gotovo vložila več sto milijonov svojih sredstev), prišli bodo dobri učitelji in raziskovalci, v mesto pa bodo s tem privabili najsposobnejše študente, ki bodo morda po zaključku študija pomagali podjetjem iz okolice k hitrejšemu razvoju. Predvidevajo namreč, da naj bi v 30 letih po izgradnji nove univerze mesto dobilo 400 spin-off podjetij in 22.000 stalnih delovnih mest.

Seveda se pri tem ponuja primerjava s Slovenijo in Ljubljano. Tako kot je New York največje ameriško univerzitetno mesto (s približno 600.000 študenti), tako je Ljubljana (s približno 55.000 študenti) največje v Sloveniji. Mislim, da ne bom dočakal dne, ko bo Ljubljana univerzi (kateri koli naravoslovni ali inženirski) ponudila zemljišče in nekaj milijonov evrov samo za to, da bi zagotovila meščanom boljšo prihodnost...

27. jun. 2011

Pomivalni stroj kot evolucijski stroj

Pred dnevi je slovenske (1, 2) in svetovne (3, 4) medije dosegla novica o odkritju slovenskih raziskovalk (pod vodstvom prof. Nine Gunde-Cimermanove z Oddelka za biologijo Biotehniške fakultete Univerze v Ljubljani), da je v pomivalnih strojih mogoče najti številne mikroorganizme, med njimi tudi dve za zdravje nevarni. O tem je poročalo celo ameriško ministrstvo za zdravje na svoji spletni strani.

Nedvomno gre za zanimivo najdbo, ki bo (še dodatno) uveljavila našo raziskovalno skupino v krogih mikrobiologov, ki se ukvarjajo z življenjem v ekstremnih življenjskih pogojih. Hkrati pa najdba odpira veliko vprašanj glede evolucije, morda pa tudi zdravstvene varnosti gospodinjskih aparatov. Nekaj o tem je v pogovoru za MMC RTV SLO povedala tudi prof. Gunde-Cimermanova, ki je pri obdelavi podatkov sodelovala z nizozemskimi raziskovalci, ki so vodilni na področju poznavanja črnih kvasovk.

Raziskava, ki je nastala verjetno predvsem iz radovednosti, je lep primer, kako je mogoče z ne izrazito sofisticiranimi pristopi priti do odmevnih rezultatov, ki so zanimivi za vsakogar in jih je celo mogoče predstaviti na enostaven način, ne da bi nujno posegali v bistvo raziskave. Številni raziskovalci namreč poskušajo ugotoviti podrobnosti procesov, ki so skriti nestrokovnjakom in jih je zelo težko razložiti.

Čeprav je odveč bojazen, ki se skriva za naslovi v medijih, kot na primer: Pomivalni stroj me hoče ubiti, je res, da je za večino ljudi pomivalni stroj tisti del kuhinje, kjer res ne bi pričakovali mikrobov. In zelo verjetno jih tam tudi ni, dokler se ne lotite gumijastih tesnil. Ta sicer delno so v stiku z agresivnimi sredstvi za pomivanje, temperatura tam utegne biti nekoliko nižja kot v sredini, razen tega pa curki vroče vode do tesnil ne sežejo in ne morejo mehansko odstraniti mikrobov. Tesnila so torej področje, ki predstavlja zelo selektivno življenjsko okolje, saj večina mikrobov tam ne preživi, preživijo pa lahko tisti, ki so prilagojeni na bazično okolje in visoke temperature. Če se bojite teh mikrobov, potem je preprosta rešitev (čeprav ne absolutna), da po končanem strojnem pomivanju z detergentom obrišete tesnila in krpo temeljito sperete. Gliv seveda na posodi, ki jo sveže oprano in posušeno vzamete iz stroja, ne bi pričakovali in jih zelo verjetno tam tudi ni, tako da so napletanja o tem, kako nevarne so glive iz pomivalnih strojev, bolj akademska. Možno pa je seveda vse, tudi to, da pri čiščenju tesnil kakšna kvasovka pride skozi morebitne poškodbe na koži v telo.

Kuhinja je z mikrobi bogato okolje. Natančnejši pogled v hladilnik, v napo in v odtok pomivalnega korita bi gotovo razkril stotine različnih mikroorganizmov: veliko dela za metagenomske raziskave, ki bi podobno, kot so že analizirali najrazličnejša naravna okolja (oceane, prst, prebavila), lahko preverili tudi, kaj vse živi v naših kuhinjah.

Razen najpogosteje omenjenih (za zdravje ljudi z močno oslabljenim imunskim odgovorom) dveh nevarnih vrst črnih kvasovk iz rodu Exophiala so raziskovalci odkrili še vrsto drugih mikroorganizmov. Analiza 189 pomivalnih strojev (večina jih je bila v slovenskih domovih, precej pa tudi drugje po svetu) je pokazala, da so glive prisotne na tesnilih v 62 % primerov, Exophiala (vsaj ena od obeh nevarnih vrst) pa v 56 % strojev, ki so vsebovali glive. (Te kvasovke sicer rastejo počasi, zato njihova prisotnost včasih v obliki črnega filma kaže na neredno čiščenje stroja.) Rezultati bodo objavljeni v reviji Fungal Biology (članki niso prosto dostopni).

Raziskava glivnega mikrobioma pomivalnega stroja je bolj kot s stališča zdravja verjetno zanimiva zato, ker je pokazala, da je človek s selekcijskim pritiskom, ki ga predstavlja okolje delujočega pomivalnega stroja, verjetno povzročil hitrejšo evolucijo ekstremnim pogojem prilagojenih mikrobov. To je sicer tema drugega članka v reviji Fungal Biology, ki je še v tisku, tako kot še dva druga članka iste raziskovalne skupine, ki je torej zelo uspešna. Faktor vpliva revije je 2,921, s čimer se uvršča na 4. mesto med 19 revijami s področja mikologije.

6. jun. 2011

Globine ne samevajo

Da so morske globine poseljene do neverjetnih globin, že dolgo vemo. Za zemljo pa je večinoma veljalo, da so pogoji za življenje primerni le v povsem zgornjem sloju, v zmernih globinah (nekaj metrov) pa bi lahko preživeli samo še mikrobi. Pogledi na poseljenost zemeljske skorje pa se spreminjajo.

V globinski vodi, ki vre iz globine več kilometrov in so jo zajeli v južnoafriških rudnikih zlata, so namreč našli večcelično bitje, pol milimetra velikega nematoda (valjastega črva, po domače: glisto), za katerega so prepričani, da ni v vodo prišel v rudniškem sistemu, pač pa res živi v globinski vroči vodi. Odkritje je tako pomembno, da je o njem prejšnji teden poročal celo Nature. Žival(co) so poimenovali Halicephalobus mephisto, voda, v kateri živi, pa naj bi bila stara več tisoč let.

V globini, kjer živi ta drobna glista, niso pričakovali tako kompleksnih živih bitij, čeprav je res, da so v zadnjih letih v globinskih sistemih v Mehiki že našli sorodne organizme. Še vedno pa ni jasno, kako pogosti so valjasti črvi v globinskih vodah morda tudi drugod po svetu. Prisotnost večceličnih organizmov globoko pod zemeljsko površino odpira nova vprašanja glede morebitne prisotnosti živih bitij v globinah drugih planetov, na primer Marsa.

H. mephisto živi v vodi, ki vsebuje 100-krat manj kisika kot na primer morska voda. Prehranjuje se z bakterijami, razmnožuje pa se nespolno, so odkrili belgijski in ameriški znanstveniki.

Sicer so predstavniki rodu Halicephalobus znani; nekateri lahko živijo parazitsko in povzročajo zdravstvene težave pri živalih in človeku (npr. H. gingivalis povzroča encefalomielitis predvsem pri konjih).

Novico povzemam pretežno po objavi na spletni strani The Scientist, ta pa temelji na članku, objavljenem v reviji Nature.

19. maj 2011

Lastne reprogramirane celice kot tujki

Ameriški raziskovalci so prišli do presenetljivega spoznanja, da je imunski sistem pri miših inducirane pluripotentne celice (iPS) prepoznal kot organizmu tuje in jih uničil. Pravzaprav je bil odziv podoben, kot če bi miš dobila celice iz genetsko nekompatibilnega seva miši (ali kot če bi človek prejel presajen organ neskladnega darovalca). Tega res ne bi pričakovali.

Logično bi bilo, da če lastno odraslo (diferencirano) celico reprogramiramo, da postane podobna izvorni celici in s tem pluripotentna, niti ta celica, niti celice, ki se iz nje razvijejo po diferenciaciji, ne bi bile imunološko drugačne od prve lastne odrasle celice. Ker pa imunskega odgovora ne moremo izključiti, je postavljeno pod vprašaj tudi morebitno zdravljenje z izvornimi celicami.

Poskus, ki ga je 13. maja objavila revija Nature (novico pa povzemam po komentarju konkurenčne revije Science), je bil sicer narejen nekoliko bolj zapleteno. Analizirali so miši dveh linij (sevov), B6 in 126. Vse miši posamezne linije so genetsko identične, med linijami pa so različne, torej so bile vse miši B6 kot enojajčni dvojčki in vse miši linije 126 kot drugi enojajčni dvojčki. Če so presadili tkiva med posameznimi živalmi iste linije, ni bilo nobenih težav - imunski sistem je presajeno tkivo imel za enako lastnemu. Tkivo ene linije presajeno v miš druge linije je seveda imunski sistem prepoznal in ga uničil.

Nato so poskus izvedli z embrionalnimi izvornimi (ES) celicami. Celice, dobljene iz ene miši, so vcepili v drugo miš istega seva. Kot so pričakovali, so se celice vsidrale in se začele deliti, hkrati pa delno diferencirati. Tako maso celic imenujemo teratom. Tako kot pri presadku tkiva, je tudi pri presaditvi ES-celic enega seva miši v miš drugega seva prišlo do imunskega odgovora in celice se niso 'prijele' - teratomi se niso razvili.

Na koncu so enak poskus naredili z reprogramiranimi (iPS) celicami. Pri miših B6, ki so dobile iPS iz celic druge miši seva B6, so opazili dva nepričakovan pojava. V nekaterih primerih se niso razvili teratomi, kar so razložili s tem, da je imunski sistem iPS-celice prepoznal kot tuje. V nekaterih drugih primerih pa so opazili, da so teratomi nastali, nato pa so zaradi imunskega odgovora začeli izginjati. Dokazali so torej, da imunološke lastnosti iPS-celic niso povsem enake lastnosti celic, iz katerih so nastale.

Raziskovalci so vzporedno preizkusili alternativni način reprogramiranja, pri katerem gene, ki jih je bilo treba vključiti, da se je sprožila dediferenciacija, po končanem reprogramiranju ponovno izključijo. Tako pripravljene iPS-celice so bile manj imunogene od tistih, ki so jih pripravili po klasičnem postopku.

Nekateri znanstveniki, ki se ukvarjajo z izvornimi celicami, menijo da gre za zanimivo spoznanje, ki pa ne bo zavrlo razvoja postopkov zdravljena z iPS. Tehnike reprogramiranja bodo gotovo še izpopolnili, po drugi strani pa potem, ko bi bila diferenciacija zaključena, geni, ki so inducirali imunsko različnost, verjetno tako ali tako ne bi bili več aktivni.


4. maj 2011

Prihaja konferenca SB 5.0

Čez dober mesec (15. junija) se bo v Stanfordu v Kaliforniji začela svetovna konferenca o sintezni biologiji z oznako SB 5.0. Gostil jo bo inštitut SynBERC (Inženirsko-raziskovalni center za sintezno biologijo), ena od vodilnih ustanov na tem področju, ki združuje raziskovalce s širšega območja San Francisca. Več o tem bom verjetno napisal, ko bo dogodek potekal, ali ko bodo na spletu posnetki predavanj.

Posebna zanimivost pa je neformalno srečanje na predvečer otvoritve konference. V avli ene od stavb, Huangovega inženirskega centra, bodo dali možnost komurkoli, ki ima kakršnokoli zamisel, kakšna bo sintezna biologija čez eno leto, pet, deset ali več let. Na voljo bo imel mikrofon in pet minut časa, da pove svoje mnenje ali predstavi svoje ideje. Nastopijo lahko študentje, doktorandi, raziskovalci, zaposleni v podjetjih in vodilni delavci.

Sicer organizatorji želijo uvesti nekaj reda v predstavitve in zahtevajo najave s kratkim opisom (v dveh stavkih), to pa je tudi vse. Vseeno se mi zdi, da je ideja o kratkih predstavitvah trendov in zamisli za raziskave izvrstna in številni simpoziji in kongresi bi precej pridobili, če bi ponudili podobno popestritev programa. Hkrati bi sprožili razprave o trendih na določenem področju, lažje pa bi stekle tudi razprave o konkretnih raziskovalnih dosežkih na predavanjih ali predstavitvah postrov. Morda bi to bilo nekaj celo za letošnje srečanje Slovenskega biokemijskega društva, ki bo v jeseni potekalo v Mariboru kot skupni kongres s srečanjem Slovenskega mikrobiološkega društva?

19. apr. 2011

Študenti o epigenetiki

Po bolonjski prenovi študija Biokemije letos prvič izvajamo predmet Molekularna biologija v 2. letniku. Ko sem razmišljal, kako bi organiziral seminarje, sem se odločil, da vse seminarje posvetimo isti temi, tako da vsi študenti v letniku opišejo različne vidike istega področja.

Vodilna tema letošnjih seminarjev so epigenetske spremembe v celici in organizmu - to so lastnosti, ki se lahko dedujejo, a niso zapisane z nukleotidnim zaporedjem na DNA. Gre predvsem za metilacijo nukleotidov, ki spremeni izražanje genov, in za kemične spremembe histonov, proteinov, na katere je navita DNA v jedru.

Skupaj 15 seminarskih tem je na kratko predstavljenih na spletu, ta teden pa sledijo še predstavitve v predavalnici. Če koga to področje zanima, jih lahko pride spremljat v veliko predavalnico IJS (Jamova 39) in to 20.4. od 10:20 do 12h (teme 1-7) in 22.4. od 10:40 do 12:30 (teme 8-15).

Seznam tem in povezave do povzetkov (ki niso niti lektorirani, niti recenzirani):

13. apr. 2011

iGEM letos brez slovenske ekipe

Kot sem najavil že novembra lani, letos študentsko tekmovanje iz sintezne biologije poteka po spremenjenih pravilih, dvostopenjsko. Lani so pričakovali, da se bo leta 2011 na tekmovanje prijavo okoli 165 ekip z vsega sveta, do roka, ki je potekel 31. marca letos, pa se jih je prijavilo 153. Ekipe so razdeljene v tri regije, ki bodo imela svoja (pred)tekmovanja v oktobru.

Evropsko prvenstvo, na katerem bodo razen 44 evropskih univerz tekmovale še tri afriške ekipe, bo v Amsterdamu 1. in 2. oktobra letos. Na vseameriškem prvenstvu se bo srečalo 61 ekip Severne, Srednje in Južne Amerije 7. in 8. oktobra v Indianapolisu, azijsko prvenstvo, na katerem bo sodelovalo 47 ekip iz Azije in Avstralije, pa bo teden dni kasneje v Hong Kongu. Najboljše ekipe s teh treh regionalnih tekmovanj se bodo med seboj pomerile na ameriški univerzi MIT v Cambridgu 5. do 7. novembra.

Letošnja novost je tudi predvideno tekmovanje (ameriških) srednješolskih ekip, vendar so se prijavile le tri šole, zato to tekmovanje ne bo tako zanimivo kot tekmovanje univerzitetnih ekip.

Kot sem omenil že v naslovu, letos ni prijavljene slovenske ekipe, ki jo je doslej vodil dr. Jerala s Kemijskega inštituta. Kolikor vem, je razlog ta, da v njegovih laboratorijih še dokončujejo projekte s preteklih tekmovanj. V času, ki je sicer vsako leto predviden za pripravo študentskih projektov, namreč ni mogoče opraviti vseh tistih eksperimentov, ki bi bili potrebni za zaključek raziskav, na tekmovanje pa je mogoče priti le z zanimivimi novimi projekti. Zato je razumljivo, da so se odločili za enoletno odsotnost s tekmovanj iz sintezne biologije.

Ljubljani najbližja ekipa je na tržaški univerzi, ki se je letos prijavila prvič. Ekipo bo vodil dr. Manfioletti z Oddelka za vede o življenju.