25. nov. 2010

Predstavitev zmagovalnega projekta

Študentska ekipa, ki je letos zmagala na tekmovanju iz sintezne biologije, bo svoj raziskovalni projekt predstavila v sredo, 1. decembra ob 18. uri v veliki predavalnici Kemijskega inštituta (Hajdrihova 19, Ljubljana).

21. nov. 2010

Sintezna biologija zanima agencijo NASA

V reviji Science je v petek izšel oglas, s katerim ameriška vesoljska agencija NASA objavlja dve prosti delovni mesti za sintezna biologa z najmanj dokončanim doktoratom. Čeprav bo zaposlitev v Nasinem Amesovem raziskovalnem centru, ki raziskuje na širšem področju biotehnologije in astronavtike, bodo raziskave res usmerjene v vesoljsko biologijo.

Amesov raziskovalni center v kalifornijski Silicijevi dolini ima 2300 raziskovalcev in letni proračun 600 milijonov dolarjev (za primerjavo: V Sloveniji je bilo lani po podatkih Statističnega urada za raziskovalno-razvojno dejavnost porabljenih približno 940 milijonov dolarjev za 10.000 raziskovalcev). Pred kratkim so tam ustanovili interdisciplinarni Inovacijski laboratorij za sintezno biologijo. Cilj tega laboratorija je razvijati orodja in pristope za raziskave in uporabo na mednarodni vesoljski postaji in manjših satelitih. Prijavi za razpisani delovni mesti je treba priložiti na eni strani opisana dva možna raziskovalna projekta, ki bi ju izvajala NASA, enega nizkorizičnega in enega visokorizičnega. Sintezna biologija bi se tu lahko navezovala na biomateriale, biosenzorje, naseljevanje vesolja, življenje v zaprtih sistemih, proizvodnjo hrane in goriv, visokovredne kemikalije, biorudarjenje, izrabo in situ dostopnih virov (ISRU), pa tudi recikliranje zraka in vode ter ravnanje z vesoljskimi odpadki.

Torej, sintezna biologija gre v vesolje (čeprav bodo sintezni biologi še nekaj časa ostali na trdnih tleh)!

18. nov. 2010

Prihodnost tekmovanja iGEM

November bi lahko postal mesec sintezne biologije... vsaj v Sloveniji. Zato sem se odločil, da predstavim prihodnost študentskega tekmovanja iGEM, kakor si ga zamišljajo organizatorji.

Letošnje tekmovanje naj bi bilo zadnje z enostopenjsko izvedbo. S 130 prijavljenimi ekipami in skupaj 1300 udeleženci srečanja na univerzi MIT so organizatorji dosegli zgornjo mejo, nad katero organizacija v enaki obliki kot vsa leta doslej ni več mogoča. Organizatorji so predvideli, da bo število ekip naslednje leto 165, pri povprečno 10 članih ekipe, ki pridejo na zaključno srečanje, pa to pomeni, da v okviru univerze ni več dvorane, ki bi sprejela vse za finalne predstavitve in razglasitev zmagovalcev. Ker menijo, da bo letna rast 25-odstotna, bi na srečanju leta 2015 sodelovalo že 400 ekip ali 4000 udeležencev.

Da bi zaključno srečanje še vedno lahko potekalo v Cambridgeu v ZDA, so organizatorji predlagali, da bi bilo to namenjeno samo najboljšim ekipam, zato bi uvedli regionalna srečanja, kjer bi opravili predizbor. Predvidevajo, da bi bilo posebno srečanje za azijske in avstralske, posebno za evropske in tretje za ameriške ekipe, pri čemer bi vsako od teh gostilo med 50 in 75 ekip oziroma med 500 in 750 člani ekip. Pogoj za organizatorje je, da imajo dvorano za zaključno razglasitev ter dovolj predavalnic za izvedbo predstavitev, pri čemer bi morale te imeti okrog 100 sedežev. Ob tem je treba tudi zagotoviti dovolj namestitvenih mest, prostore za postrske predstavitve, za pogostitev v odmorih in podobno. Najti bo treba tudi komeptentne sodnike, ki bodo izbrali najboljše ekipe za udeležbo na zaključnem srečanju.

Univerze, ki želijo kandidirati za izvedbo področnih srečanj, se morajo prijaviti do 1. decembra, izbor pa bo znan konec januarja. Področna srečanja bodo potekala v oktobru, zaključno srečanje pa novembra ali morda šele februarja naslednje leto, saj bi številni udeleženci finalnega srečanja potrebovali ameriške vize, teh pa ne bi mogli dobiti prej kot v treh mesecih.

Organizatorji so tudi odločeni, da vzpostavijo podružnici v Evropi in Aziji. Ta namen so izrazili že pred leti in vsaj v Evropi je bil interes precej velik, predvsem pri Angležih in Francozih. Namen vzpostavitve podružnic je večja angažiranost pri promociji sintezne biologije, izobraževanju in organizaciji znanstvenih srečanj.

8. nov. 2010

Naši spet zmagali na iGEM-u !

Na letošnjem tekmovanju študentskih raziskovalnih skupin iz sintezne biologije je (ponovno) zmagala slovenska ekipa, sporočajo organizatorji preko Tweeeterja! Drugo mesto je osvojile ekipa Pekinga, tretjo pa Bristol. Ostali finalisti so bili Cambridge, TU Delft in Imperial College London in teh šest ekip se je danes predstavilo v veliki dvorani vsem udeležencem srečanja. Prva je bila na vrsti Slovenija s svojim projektom, ki sem ga na kratko opisal par dni nazaj. Sledila je predstavitev ekipe Pekinga, ki je razvila sistem za bioremediacijo težkih kovin. Cambridge je razvil luminiscentne bakterije, ki naj bi nadomestile razsvetljavo. Delft je pripravil sistem za pretvorbo ogljikovodikov v vodnem okolju, Bristol pa senzorje za nitrate. Na koncu se je predstavil Imperial College s sistemom za zaznavanje parazitov.

Ekipa sodnikov je razglasila dobitnike nagrad po kategorijah in splošne nagrade. V kategoriji Energija/hrana je zmagal Bristol, Peking je dobil nagrado v kategoriji Okolje, za področje Medicina/zdravje si nagrado delita Washington in Freiburg, za Informatiko Basel in Tokyo, v kategoriji Proizvodnja je zmagal MIT, v kategoriji Novi načini uporabe pa Slovenija. Posebne nagrade so podelili za temeljne raziskave (Pariz), za softwarska orodja USTC s Kitajske, v medsebojnem ocenjevanju med ekipami pa so podelili pet nagrad (Cambridge, Imperial College, MIT, Lausanne, Slovenija). Za najboljše konstrukte (biokocke) so nagradili Minessoto (naravni viri) in Slovenijo (načrtovani konstrukti), za najbolje opravljeno meritev univerzo Duke, za najboljši model Edinburgh, za najboljšo predstavitev na wikiju Imperial College in Cambridge, za najboljšo predstavitev na srečanju Delft, za najboljši poster Kyoto, podelili pa so še nagrado za ravnanje s človeškimi viri (human practice advance; Cambridge) in dve nagradi za biološko varnosti (SDU Danska in VT-ENSIMAG).

Vsekakor gre (po lanski smoli s sodniki) za ponoven dokaz, da se pri nas ob dobrem mentorskem delu in motiviranosti študentov da priti do vrhunskih rezultatov v svetovnem merilu.

4. nov. 2010

Vikend za iGEM2010

Ta konec tedna bo na univerzi MIT potekalo srečanje študentskih raziskovalnih skupin s področja sintezne biologije. Predstavilo se bo 118 ekip z vsega sveta v 5 vzporednih sekcijah. Slovenska ekipa je na vrsti v soboto ob 14. uri po vzhodnoameriškem času. Predstavitve bodo potekale vso soboto in nedeljo, finale z razglasitvijo najboljših ekip pa sledi v ponedeljek.

Kratki povzetki dosežkov vseh ekip so verjetno najboljši način za seznanitev s področji, ki so jih skupine obravnavale. Ekipe so se morale same odločiti, v kateri kategoriji bodo tekmovale, izbirale pa so lahko med naslednjimi kategorijami znotraj širokega področja sintezne biologije: zdravje/medicina, hrana/energija, okolje, procesiranje informacij, proizvodnja, software, temeljne raziskave, novi načini uporabe.

Ekipa, ki je svojo raziskavo opravila na Kemijskem inštitutu, je razvila nov način uravnavanja večstopenjskih biokemijskih reakcij na konkretnem primeru proizvodnje barvila violaceina. Metoda, ki jo predstavljajo na wikiju, temelji na DNA-vezavnih proteinih - cinkovih prstih, ki prepoznajo točno določena sintetična zaporedja 9 nukleotidov. Pri tem DNA deluje kot organizator encimov, ki sodelujejo v biosintezni poti in je torej nosilka informacije v drugačnem smislu, kot to poznamo pri prenosu genetske informacije DNA -> RNA -> protein. Za svoj projekt so pripravili kar 151 novih konstruktov na ravni DNA in jih deponirali v Registru bioloških delov, kar je (ponovno) izredno veliko, saj številne ekipe projekt izvedejo pretežno na osnovi konstruktov drugih skupin in le z nekaterimi prilagoditvami.

Patentiranje genov: za in proti

V Evropi velja splošno načelo, da ni mogoče patentirati stvari, ki so dane v naravi. Tako na primer ni mogoče patentirati organizmov (recimo človeške ribice), naravnih proteinov (na primer hemoglobina), niti zaporedij DNA, ki so prisotne v naravi. V Severni Ameriki je situacija drugačna: tam je bilo mogoče patentirati katerokoli zaporedje DNA, če ste ob tem povedali, čemu bi to zaporedje (ali produkt tega zaporedja) lahko služilo. Po tem, ko je več desetletij veljala takšna praksa, je prejšnji petek pravosodno ministrstvo ZDA izdalo mnenje, da genov ni mogoče patentirati, saj so delo narave.

Odločitev je polarizirala strokovnjake, saj so predstavniki biotehnoloških podjetij bili ogorčeni nad takim mnenjem, saj naj bi to zmanjšalo konkurenčnost ZDA na tem področju. Po drugi strani pa so številni raziskovalci s sklepom zadovoljni, saj menijo, da bo to pospešilo razvoj novih zdravil.

Novo stališče ameriškega pravosodja izhaja iz spodbojne tožbe iz marca tega leta. Šlo je za patent za genetsko testiranje na osnovi človeških genov BRCA1 in BRCA2, ki sta povezana s tveganjem za razvoj raka dojke in jajčnikov. Nekatere patentne zahtevke so namreč izpodbijali s tožbo pred newyorškim sodiščem, ki je odločilo, da sedem patentov ni veljavnih, v veljavi pa je ostalo še 16 patentov, vezanih na ista dva gena. Seveda je lastnik spodbijanih patentov, diagnostično podjetje Myriad Genetics, se je seveda pritožilo na zvezno prizivno sodišče, ki pa je večinoma potrdilo prvotno odločitev.

Čeprav imajo nekateri novo stališče ameriškega pravosodja za prelomno, pa drugi poudarjajo, da bo večina patentov, vezanih na naravna zaporedja DNA, obstala. Ogroženi so namreč le patenti, ki ščitijo izrabo genskih zaporedij, ne pa tisti, ki ščitijo metode (na primer diagnostične), vezane na naravna nukleotidna zaporedja. Nov veter v ameriški biotehnološki patentni politiki, če gre res za to, zna biti kratkotrajen, saj bodo podjetja poskušala doseči preklic novih stališč. Če nič drugega, bi bilo treba na enak način odločati tudi glede naravnih proteinov in metabolitov, ki so jih doslej prav tako patentirali, tokrat pa glede njih ni bilo govora in torej velja, da je patentiranje možno še naprej - kar pa ni logično. Zanimivo je tudi to, da je Evropski patentni urad že leta 2008 odločil, da morajo evropska podjetja plačevati licenčnino za izrabljanje v ZDA patentiranih genov, čeprav teh v Evropi ne bi bilo mogoče patentirati.

Patenti na posamezne gene so predstavljali veliko (finančno) oviro za razvoj diagnostičnih testov, ki bi vključevali več različnih genov. Podjetje Myriad je tako na primer za testiranje kritičnih mutacij v genih BRCA1 in 2 zaračunavalo po 3000 USD, kar je gotovo zelo visoka cena glede na realne stroške same izvedbe testa, s patentom pa je uspešno preprečevalo konkurenco. To je sicer namen patentov, ni pa v interesu pacientov.

O tokratni odločitvi glede patentiranja genov ta teden med drugimi pišeta Nature in New York Times.