30. jul. 2009

Ali ekološka živila res niso bolj zdrava od običajnih?

V reviji American Journal of Clinical Nutrition je 29. julija kot predobjava izšel članek britanskih znanstvenikov, ki so izmed več kot 52.000 raziskovalnih člankov, ki so izšli v zadnjih 50 letih, izbrali tiste, ki obravnavajo primerjavo ekoloških ('organskih') živil s standardnimi. Našli so 162 tovrstnih analiz, vendar so ustrezno kakovostne kvantitativne podatke objavili le v 55 izmed teh člankov.

Skupen imenovalec izbranih 55 analiz je, da je konvencionalno pridelana rastlinska hrana bogatejša z dušikom, ekološko pridelana pa vsebuje več fosforja in kislin. Pri 8 drugih sestavinah razlike niso bile statistično pomembne. Primerjalnih analiz mesa je bilo sorazmerno malo in niso pokazale značilnih razlik glede sestavin.

Na osnovi te študije so zaključili, da so razlike v sestavi zelo majhne in so predvsem posledica različnega načina pridelave. Reuters je v svoji novici dodal, da ekološka živila ne le, da nimajo nobene prehranske prednosti pred konvencionalnimi, pač pa tudi niso nič bolj zdrava. To je vsaj zanimivo, saj je svetovno tržišče ekološke hrane vredno 48 milijard USD.

Vprašanje pa je, ali je o tem, kako vpliva neko živilo na zdravje posameznika, dovolj pogledati vsebnost 11 sestavin hrane. Morda bi se pred 20 leti to zdelo dovolj, današnje razumevanje uravnavanja izražanja genov in zapletenih signalnih poti v celicah in med celicami pa kažejo, da lahko nekatere sestavine v sledovih pomembno vplivajo na fiziološke procese. Vsebnost teh sestavin pa je težko določiti, nenazadnje zato, ker so nekatere snovi dokaj nestabilne in so v različno starih in različno hranjenih rastlinskih živilih prisotne v zelo različnih koncentracijah.

Nasvet: ne glede na objavljeno raziskavo uživajte sveže nabrano zelenjavo in sadje (pa tudi če ni ekološko pridelano). Poletje je kot nalašč za to.

29. jul. 2009

40 let "sintezne biologije"

Dober mesec nazaj je umrl Ralph Hirschmann, vodja raziskovalne skupine, ki je pred 40 leti objavila članek o sintezi encima. Leta 1969 so namreč v isti številki revije Journal of the American Chemical Society objavili prispevke dveh konkurenčnih skupin, ki sta obe sintetizirali isti encim, a na povsem različna načina. Medtem ko je Hirschmannova skupina iz podjetja Merck v skupaj 5 kratkih člankih razložila, kako so sintetizirali posamezne peptide in jih na koncu povezali v aktivno encimsko molekulo, je ekipa Roberta Merrifielda sintezo 124 aminokislinskih ostankov dolgega encima opravila v enem kosu (in objavila en članek).

Robert Merrifield je delal na Rockefellerjevi univerzi v New Yorku in je že pred tem razvil postopek za organsko sintezo proteinov v brezvodnem okolju. Samo vprašanje časa je bilo, kdaj bodo poskusili metodo uporabiti za sintezo enega od encimov. Ribonukleaza A je bila za obe skupini povsem logična izbira, saj je bilo njeno aminokislinsko zaporedje znano, 124 ostankov pa predstavlja (tudi po današnjem znanju) enega od najmanjših encimov. Hirschmann je s sodelavci za uspešno sintezo rabil 18 mesecev.

Čeprav je bil dosežek za tisti čas tako pomemben, da se je znašel na naslovnici New York Timesa, pa danes encimov seveda ne sintetiziramo na tak način. Z razvojem genskega inženirstva v drugi polovici sedemdesetih in v osemdesetih letih je sinteza daljših proteinskih molekul s kemijskimi metodami postala stvar preteklosti, takrat pa je rezultat obeh ekip pomenil pomemben povezovalni element med kemijo in biologijo.

Merrifieldov prispevek k razvoju kemije je Nobelova fundacija nagradila z Nobelovo nagrado za kemijo leta 1984, Hirschmann pa je dobil nekatera druga pomemba priznanja, predvsem v ZDA.

Povzeto po prispevkih v New York Timesu in The Scientistu.

21. jul. 2009

O (ne)varnosti cepiva proti mehiški gripi

Ste tudi vi dobili v teh dneh po e-pošti sporočilo glede okuženega cepiva proti novi obliki gripe H1N1? Omenjena je novinarka Jane Burgermeister, ki je odkrila svetovno zaroto, v kateri sodelujejo Združeni narodi, Svetovna zdravstvena organizacija in ameriški predsednik. Vložila naj bi tožbo proti vsem tem, ker je zarota popolna, pa jo poskušajo utišati in so ji dali odpoved v službi... Svetovne zarote so dobre v filmih, v resnici pa - ali se spomnite kakšne, ki je uspela? Najbrž ne in tako bo tudi s to. Zarote v resnici ni.

Poglejmo po vrsti. V pisanju je preprosto preveč očitnih nepravilnosti, da bi ga lahko jemali kot resno. Podatek, da bo cepivo okuženo, ne drži, saj temelji na dogodku iz februarja letos, ko je avstrijska podružnica podjetja Baxter (ki je eden od proizvajalcev cepiva) na več naslovov raziskovalnih in zdravstvenih organizacij iz treh držav (tudi v Slovenijo) poslala vzorce sezonskega virusa, ki so bili onesnaženi z virusom ptičje gripe. Ni šlo za cepivo, pač pa za vzorce virusov H3N2, v katerih se je znašel H5N1. Ne prvih ne drugih ne bo v cepivu proti mehiški gripi. Ne bo tudi držalo, da je mehiška gripa podobna ptičji (no, pač, vsi virusi influence so si med seboj relativno podobni...) in da celo iz nje izhaja. Gre za drug tip virusa in njegovo postopno evolucijo v vzorcih iz okuženih prašičev so že dokazali. Seveda pa bi bilo filmsko, če bi virus res ustvarili v laboratoriju in ga potem razširili po vsem planetu... Vseeno pa mehiška gripa ni dober način za iztrebljenje 5 milijard ljudi, kot piše v tistem sestavku, saj bi bilo gotovo bolj učinkovito sprostiti kar virus španske gripe, ki je bila leta 1918 smrtna pri kar 20 % okuženih (mehiška je pri približno 0,5 %).

Klasični način priprave cepiva je tak, da z izbranim virusnim sevom okužijo oplojena kokošja jajca. Virusi influence se v jajcih namnožijo in po nekaj dneh jih izolirajo in inaktivirajo, potem pa testirajo učinkovitost procesa in odsotnost nečistoč. Za eno dozo cepiva sta potrebni dve, včasih tri jajca. Proizvodne zmogljivosti naj bi bila pretekla leta okrog 300 milijonov doz letno. Letošnja pandemija pa je seveda povečala naročila, ki naj bi jih bilo letos okrog 1 milijardo doz (po nekaterih podatkih celo dvakrat toliko). V tako kratkem času je nemogoče dobiti 2 milijardi oplojenih jajc, posebej zato, ker naročniki želijo, da bi cepivo bilo na voljo že zgodaj jeseni (na severni polobli).

Od sredine devetdesetih let že razvijajo alternativni postopek, pri katerem za namnožitev virusov ne uporabljajo več kokošjih jajc, pač pa celice v kulturi. Najbolje so se izkazale celice ledvičnega epitela, ki izhajajo iz afriških zelenih opic (zelenih morskih mačk), to so tako imenovane celice vero. Gojijo jih v bioreaktorjih, kar pomeni, da je možna proizvodnja v velikem obsegu, vendar pa so predpriprave procesa sorazmerno dolge, predvsem v primerjavi z ustaljenim robotiziranim postopkom priprave v jajcih.

Cepiva, pripravljenega v jajcih, ne dajejo tistim, ki so alergični na kokošja jajca, ker obstaja nevarnost, da cepivo vsebuje nekatere ostanke jajčnih beljakovin. Tega problema pri cepivu, pripravljenem v celicah vero, ni. Obstaja pa potencialna možnost, da bi tako cepivo lahko vsebovalo morebitne opičje viruse in tu ni mogoče v celoti izključiti možnosti, da bi virus lahko okužil tudi človeka. Seveda se to ne bi smelo zgoditi - celična linija bi morala biti preverjeno prosta virusov in izolacijski postopek bi moral biti tak, da tudi če bi virusi bili prisotni, ti ne bi pristali v frakciji virusa influence. Ostaja pa morda nekoliko nelagoden občutek, da cepivo, ki je potrebno v tako kratkem času, ne bo šlo skozi enako natančno kontrolo kot bi sicer, če bi bilo časa dovolj. Medtem ko naj bi za severnoameriško tržišče večina cepiva še vedno prišla iz proizvodnje v jajcih, kaže da bo v Evropi več cepiva iz celičnih kultur. Ker pa je proizvodnja virusov mehiške gripe v jajcih baje manj uspešna kot je pri sezonskih sevih (za vsakoletna cepiva zmešajo inaktivirane viruse treh sevov, ki jih pripravijo ločeno), bo trajalo dalj časa, da bodo lahko dobavili naročene količine cepiva. Lahko se zgodi, da bodo dobave kasnile za več mesecev in se zavlekle v zimo, ko bo verjetno višek pandemije na severni polobli že mimo.

Cepljenje ljudi, ki so že preboleli (mehiško) gripo, ni smiselno in če bo cepivo kasnilo, bo to lahko zmanjšalo število doz, ki bodo potrebne. Vseeno pa razmišljajo, da bi potrebno število doz zagotovili na tak način, da bi namesto dveh injekcij dobili samo eno, a v kombinaciji z ojačevalnim sredstvom (žargonsko mu rečemo 'buster'), ki pospeši nastajanje protiteles v organizmu. Vendar se nekateri bojijo, da je ojačevalno sredstvo za zdravje prej nevarno kot pa koristno.

Podatki iz ZDA kažejo, da tam vsako leto zaradi okužbe z gripo in zaradi kasnejših zapletov umre okrog 40.000 ljudi. Mehiška gripa je doslej na svetu direktno ubila okrog 700 ljudi, tako da situacija še zdaleč ni kritična. Bolj zaskrbljeni smo morda lahko zaradi stališča, da novo cepivo ni primerno za mlajše od 18 let in za starejše od 60 let, saj je iz epidemioloških raziskav znano, da sta prav ti dve skupini tisti, ki ob pravočasnem cepljenju najbolj pozitivno vplivata na zmanjšanje smrtnih primerov bolezni. Več o tem pa piše tudi v Wikipedijinem sestavku o cepivih proti gripi.

20. jul. 2009

Afriške korenine

V ZDA deluje podjetje African Ancestry, ki se je specializiralo na 'iskanje korenin' za temnopolte, seveda na osnovi analize DNA. V šestih letih delovanja so ustvarili lastno bazo podatkov, po kateri naj bi bili sposobni z veliko gotovostjo ugotoviti, odkod v Afriki izhajajo predniki. Sicer je njihova spletna stran zelo prijazna do uporabnika in počasi in nazorno razlaga, kakšno je genetsko ozadje analiz, ki jih opravljajo, vseeno pa so mnogi do njihovih storitev skeptični. Morda upravičeno...

Za razliko od večine na videz podobnih analiz drugih ponudnikov genskih analiz svoje omejuje na dve tarči: na majhne razlike v mitohondrijski DNA in na kromosom Y. Mitohondrije dedujemo vedno od matere in število polimorfnih mest je na mitohondriju zelo majhno. Ker ima vsak od nas enako zaporedje mitohondrijske DNA kot njegova prapraprapra...babica, je mogoče s primerjavo teh zaporedij med različnim afriškimi narodi z določeno mero gotovosti reči, kje na afriški celini se določeno zaporedje najpogosteje pojavlja. Moški potomci pa dedujejo po očetih kromosom Y. Ker ta nima para v genomu, praktično ne izmenjuje delov kromosomov, zato lahko z analizo polimorfizmov na tem kromosomu zasledujemo moške prednike; seveda moramo imeti dovolj podatkov od pripadnikov različnih narodov, da lahko preiskovane polimorfizme primerjamo z bazo podatkov.

Teorija je sorazmerno preprosta. Kaj pa potem lahko očitamo podjetju, ki na videz dela s povsem odprtimi kartami? Podjetje za 299 USD ponuja analizo prednikov po materini strani in za isto ceno analizo prednikov po očetovi strani. To ni malo, če razumemo, kaj je za tako analizo treba narediti. Kot zanimivost: če že imate zaporedje mitohondrijske DNA ali podatke o markerjih na kromosomu Y, vam analizo opravijo za samo 200 USD ;-) kar verjetno pomeni, da je cena analize DNA kvečjemu 99 USD. Res je morda končni rezultat lepo zapakiran in okrašen (pismo, izpis nukleotidnega zaporedja, certifikat, barvni zemljevid Afrike, vodič po prednikih iz zahodne in srednje Afrike, članstvo v spletnem portalu podjetja), vendar pa obstaja vprašanje, kako zanesljiv je v resnici rezultat.

Prvi dvom se nanaša na podatek o prednikih, saj rezultat pomeni, da vam sporočijo, v kateri današnji afriški državi so prebivalci, ki so po DNA podobni vam. Glede na zgodovino nastajanja držav po logiki kolonijalnih delitev in ne prav redke selitve narodov po celini bi bil bolj logičen rezultat podatek o tem, kateremu afriškemu narodu ali etnični skupini so najverjetneje pripadali predniki. Drugič, nekateri menijo, da baza podatkov še vedno ni dovolj velika, da bi lahko bili rezultati res zanesljivi. Tretjič pa: če res opravijo analizo mitohondrijske DNA, potem to v resnici ni tako ogromno delo kot se morda zdi po dolžini nukleotidnega zaporedja, ki ga dobijo naročniki. Mitohondrijski genom je res dolg 16.595 nukleotidnih parov, a v resnici je med posamezniki zelo malo razlik. Trenutno je znanih kar 5734 celotnih nukleotidnih zaporedij mitohondrijske DNA različnih ljudi (ja, tudi neandertalcev), vendar so razlike skoncentrirane na nekaterih polimorfnih mestih, zato zadošča analiza le teh, vse ostalo pa je mogoče z veliko zanesljivostjo prepisati od kogarkoli drugega. Vendar pa tudi za te analize najverjetneje uporabljajo biočipe - cene tovrstnih analiz pa se postopno nižajo, kot kaže tudi nedavni podatek na blogu BioNovice.

Tri tedne nazaj je o tej temi poročal tudi BBC. Med drugim so navedli podatek, da se je za gensko testiranje doslej odločilo že pol milijona Američanov (med njimi 35.000 Afroameričanov).

15. jul. 2009

Barjanski koliščarji in DNA iz grozdnih pečk

Kot veste, so pred davnimi časi na robu Ljubljanskega barja, ki je bilo takrat še jezero, živeli koliščarji. Ukvarjali so se baje s poljedeljstvom, živinorejo, lovom in ribolovom, žgali so izdelke iz gline, se prevažali z drevaki in vozovi. Ti davni časi so bili pred približno 5000 leti, torej davno davno pred prihodom Rimljanov v naše kraje. Ostanke kolišč so našli prvič v bližini Iga že leta 1875, do danes pa poznamo že okrog 4o najdbišč, kjer so stala kolišča. Večina jih je na južnem robu Barja. Ko odkrijejo kakšno novo (kako poteka taka raziskava, si lahko preberete na primer v Arheološkem vestniku), ga natančno raziščejo arheologi, ki pa ne odkopljejo samo lesenih ostankov, keramike in kakšnih živalskih kosti, pač pa tudi kakšne drobnarije - recimo grozdne pečke. Tako kot ostale rastlinske ostanke jih natančno pregledajo paleobotaniki in na osnovi rastlinskega materiala je mogoče marsikaj reči o načinu življenja, pa tudi o vegetaciji, ki je prevladovala v tistem času.

Stvar z grozdnimi pečkami pa ni tako postranska kot se morda zdi. Za trto so dolgo menili, da so jo v naše kraje prinesli šele Rimljani, torej pred približno 2000 leti. Vendar pa obstaja več paleobotaničnih dokazov, ki kažejo, da je vinska trta rasla v naših krajih že davno pred tem. Današnja vinska trta, kakršno vidimo v vinogradih po Evropi, je vrste Vitis vinifera, podvrste vinifera. Razvila se je verjetno pod vplivom človeka iz druge podvrste, V. vinifera sylvestris, ki ji rečemo divja trta (nekateri jo sistematizirajo po starem še vedno kot posebno vrsto V. sylvestris). Ta še danes raste na nekaterih redkih rastiščih v Srednji Evropi, tudi v Sloveniji, na primer (baje) v Posavju in na Vipavskem, običajno na peščenih rečnih bregovih, znano pa je tudi rastičje v Vinjah pri Dolu, kjer divja trta raste v gozdu.

Koliščarji so seveda lahko nabirali grozdje divje trte. Grozdi so sicer bolj redki in jagode niso tako mesnate, vseeno pa so sladke. Vendar pa ne moremo izključiti, da so trto udomačili in jo gojili. Znano je, da so trto gojili v Vzhodnem Sredozemlju že v času pred koliščarji, pa tudi to, da so koliščarji trgovali s sredozemskimi in severnoevropskimi kulturami. Tako bi lahko iz Male Azije dobili tudi sadike žlahtne trte in se spoznali z načinom gojenja trte. Kako bi torej lahko ugotovili, ali so na Barju v bakreni dobi nabirali jagode divje trte ali so imeli takrat že gojeno trto? Na prvi pogled se zdi to povsem nemogoče.

Pri sistematični analizi kolišča Hočevarice pri Verdu - izkopavanja so se začela že leta 1998 - so prvič pri nas izvedli sejanje tistih plasti, ki jih je bilo mogoče povezati z ostanki človeškega bivanja, skozi sita treh različnih gradacij. Našli so več kot 30.000 semen in drugih rastlinskih ostankov s premerom nad 3 mm ter še dosti več manjših. Med velikimi semeni je bilo največ, kar 27 %, grozdnih pečk. Z radiokarbonskim datiranjem so ugotovili, da so stare 4800 let in so torej najstarejše grozdne peške, kar so jih našli na območju Slovenije. Raziskavo o tem so objavili slovenski raziskovalci v reviji Vegetation History and Archaeobotany decembra lani. Članek je prosto dostopen.

Divja trta ima semena, ki so pretežno okrogle oblike, medtem ko ima gojena trta semena hruškaste oblike. Zato so paleobotaniki najprej primerjali obliko semen, ki so jih izkopali v Hočevarici s semeni iz rimskega obdobja (1. stol. n. št.), ki so jih našli na Vrhniki. Sliši se preveč preprosto, da bi bilo res... Če primerjamo obliko pečk (slika 2), vidimo da so nekatera semena iz neolitika nekoliko srčaste, pa tudi rahlo hruškaste oblike, niso pa res okrogla. Današnja trta ima res pretežno hruškasto obliko semen (slika 3); pregledali so 50 semen petih različnih sort, tudi take, ki izhajajo iz vrste V. lambrusca.

Biometrična analiza, pri kateri so določili nekatera značilna razmerja dimenzij semen, so pokazala na preveliko raznolikost znotraj vsake od analiziranih skupin semen, da bi bilo mogoče dati nedvoumne zaključke. Velikost semen (slika 6) je bila pri neolitski trti največja, vendar tudi rimska in sodobna trta nista imeli enako majhnih semen, zato sama velikost ne more biti merilo, ki bi zadoščalo za uvrstitev v podvrsto. Razen tega je četrtina neolitskih semen bila enako majhnih kot moderna semena. Torej samo na osnovi oblike semen ne moremo priti do dokončnega odgovora, za katero podvrsto trte je šlo. Šele ob uporabi štirih različnih biometričnih formul so ugotovili, da sta od analiziranih 142 neolitskih semen samo dve taki, ki bi ju bilo mogoče uvrstiti v skupino gojene trte. Vendar je tudi pri rimskih semenih največ 20 od analiziranih 66 semen takih, ki jih je mogoče imeti po izvoru iz gojene trte, to pa ni pričakovano. Celo pri modernih vzorcih je za skoraj polovico semen mogoče na osnovi biometričnih analiz dvomiti, da res pripadajo gojenim sortam, zato so tovrstne analize neprepričljive.

Ker se drugi deli rastline niso ohranili, so poskusili iz semen izolirati DNA in izvesti analizo značilnih zaporedij. Žal se je izkazalo, da iz tako starih vzorcev ni bilo mogoče dobiti dovolj kvalitetne DNA, da bi lahko opravili molekularnobiološke preiskave. Tudi iz vzorcev iz 1. stoletja jim ni uspelo dobiti ustrezne DNA, medtem ko so bili kontrolni poskusi s semeni različnih sort sodobne trte uspešni. Glede na to, da je švicarskim in francoskim paleobotanikom uspelo izvesti delno analizo mikrosatelitskih zaporedij kloroplastne DNA iz vzorcev starih okrog 2400 let, še ni čas, da bi vrgli puško v koruzo. Verjetno bo treba naslednjič vzorce takoj po izkopanju zamrzniti in izolacijo DNA opraviti v kar najkrajšem času, analizirati pa bo treba zelo kratka polimorfna zaporedja. Recimo, da še nismo slišali zadnje besede glede bronastodobnega vinogradništva na Barju.

9. jul. 2009

O tistem novozelandskem ptiču

Po dopustu poskušam ugotoviti, kaj vse se je dogajalo v času, ko me ni bilo. In kaj preberem danes na straneh RTV SLO? Da so avstralski znanstveniki na osnovi DNA, izolirane iz perja izumrle ptice moa ugotovili, kakšna je bila ta ptica v resnici. Prispevek naj bi povzeli po agenciji Reuters, objavili pa so ga 4. julija. Ampak ali je to sploh mogoče? In ali so res na osnovi DNA iz perja ugotovili, kakšno je bilo perje? In da je bila ptica visoka več kot 2 metra?

Poglejmo lepo po vrsti, kaj pravijo na portalu RTV SLO:

1. S pomočjo DNK so rekonstruirali videz velikanskega ptiča tekača, ki je živel do 13. stoletja na Novi Zelandiji.
2. DNK so dobili iz 2500 let starega perja iz več jam.
3. Ptice moa so zrasle do višine dveh metrov in pol in so tehtale do 250 kg.
4. Ptice so iztebili Maori okrog leta 1280.
5. DNK je pripadala pticam iz štirih vrst od desetih, kolikor jih je nekoč živelo.
6. S primerjavo DNK ptic moa z današnjimi pticami, so dobili predstavo o moah.
7. Moe so bile rjave barve, nekatera peresa pa so bila na koncih bela, zato so bile ptice videti grahaste.

Reuters je o moah pisal že 14. januarja in sicer, da so v jamah našli ptičje iztrebke, ki so jih analizirali na ravni DNA in ugotovili, s čim so se te velike ptice, ki so merile v višino tudi do tri metre, prehranjevale. V iztrebkih so namreč našli semena in liste, na osnovi DNA pa so ugotovili, za katere rastlinske vrste gre. Pri tem so našli nekatere znane rastline, nekaterih pa niso uspeli določiti in so menili, da gre za že izumrle vrste rastlin (iztrebki so bili stari od nekaj sto do 4000 let). Polovica od znanih rastlin je sorazmerno nizkih (do 30 cm), kar pomeni, da se je moa morala sklanjati skoraj do tal - pred tem so namreč menili, da je objedala grme in drevesa. V tej novici torej ni bilo ničesar o perju, samo o iztrebkih. Sicer pa na spletni strani Reutersa iskanje 'moa DNA' ne vrne nobenega drugega zadetka. Iskati bo treba drugje...

ABC Science nam pove bolj realno zgodbo:
Cilj raziskave je bil ugotoviti, ali je na osnovi DNA mogoče rekonstruirati barvo perja. To je bila osrednja tema doktorske naloge Nicolasa Rawlenca, rezultate pa je objavil v britanski reviji Proceedings of the Royal Society B. Peresa, iz katerih so izolirali DNA, so bila stara 2000 do 3000 let, našli pa so jih v skalnih spodmolih na več mestih po Novi Zelandiji. Na osnovi DNA so zgolj določili, katerim vrstam moj so posamezna peresa pripadala, niso pa iz DNA sklepali na barvo peres. V istih skalnih zavetiščih so namreč našli tudi enako stara peresa papig Cyanoramphus novaezelandiae, ki živijo tudi še danes. Ugotovili so, da se barve kljub starosti niso spremenile, zato so enako sklepali tudi za peresa moe. Za peresa težkonoge moe so na primer ugotovili, da so zelo podobna perju kivija, zato so z malo umetniške žilice pripravili rekonstrukcijo moe, ki je podobno grahaste barve kot kiviji. Raziskovalci se zavedajo, da so lahko bila peresa na različnih delih telesa različna, pa tudi da so se samci in samice lahko razlikovali. Razen tega so bile druge vrste moj lahko drugačne barve, vendar predpostavljajo, da so bili pustih varovalnih barv.

Edina novost, ki se zdi pomembna za analize starih vzorcev DNA iz perja, je ta, da so ugotovili, da je DNA mogoče uspešno izolirati tudi iz konic peres, medtem ko so prej menili, da je to možno samo iz votlih tulcev, kjer so peresa vstavljena v kožo. To pa je za dragocene muzejske primerke neprimerno, saj je treba izpuliti celotno pero. Sedanja raziskava torej kaže, da je mogoče le odrezati del peresa in izolirati dovolj DNA za bioarheološke raziskave. V primeru moj nameravajo na osnovi DNA kasneje preučiti, ali so klimatske spremembe vplivale na te ptice še pred prihodom človeka na novozelandske otoke.

Torej na osnovi DNA niso rekonstruirali videza izumrlih ptic in to vsaj nekaj (dest) let še ne bo mogoče. Rekonstrukcija ptic temelji na fosilnih ostankih kosti in najdenih peres, za katera menijo, da se v več tisoč letih niso barvno spremenila. Velika večina naslovov v spletnih novicah je torej zavajajočih, saj je bila analiza DNA le v pomoč pri določitvi ptičje vrste in nič več kot to.

Danes na radiu in v časopisih

Prav na kratko bi rad opozoril na dva prispevka v današnji Delovi rubriki Znanost: Dragica Bošnjak piše o ustanovitvi konzorcija za matične celice in razvoj naprednih oblik zdravljenja na Nacionalnem inštitutu za biologijo, na isti strani pa Damjana Rozman opisuje delo Centra za funkcijsko genomiko in biočipe na Inštitutu za biokemijo Medicinske fakultete v Ljubljani.
Danes malo po 17. uri pa lahko na 2. programu Radia Slovenija spremljate oddajo Frekvenca X, v kateri bo osrednje mesto pripadlo sintezni biologiji; govoril bo Roman Jerala.
PS: Posnetek je na spletu.

8. jul. 2009

iGEM 2009

Seveda tekmovanje študentskih ekip iz sintezne biologije tudi letos bo! Srečanje ekip bo med 30. oktobrom in 2. novembrom na univerzi MIT, tako da imajo ekipe še dovolj časa za raziskovalno delo. Mnoge (tudi slovenska) so glede vsebine projekta zelo skrivnostne, saj gre vendarle za tekmovanje in prezgodnje odkrivanje kart ne predstavlja nobene prednosti, vseeno pa so se nekatere ekipe odločile, da že objavijo svoje zamisli.

Za letošnje tekmovanje se je prijavilo 112 ekip, kar pomeni tretjino več kot lani. Zato so morali organizatorji srečanje podaljšati za pol dneva, predstavitve pa bodo potekale v petih vzporednih sekcijah. Tudi letos bodo razen skupnega zmagovalca razglasili še drugo in tretje mesto izmed 3-10 finalistov. Razen teh priznanj bodo podelili še nagrade za najboljše projekte na področjih, ki bodo letos: Hrana in energija, Okolje, Zdravje in medicina, Proizvodnja, Nove uporabe sintezne biologije, Temeljne raziskave v sintezni biologiji.

Slovenska ekipa, ki jo tudi letos vodi prof. Roman Jerala, ima deset mentorjev (s Kemijskega inštituta) in sedem študentov. Letos so se v ekipo uvrstili: Marko Verce (Biotehnologija), Sabina Božič (Biokemija), Anja Lukan (Biokemija), Tibor Doles (Biologija), Nika Debeljak (Biotehnologija), Špela Miklavič (Mikrobiologija) in Urška Jelerčič (Fizika). O tem, kaj bodo delali, ne vemo še nič uradnega in verjetno bo treba za kaj več počakati do 1. avgusta, ko je rok za objavo osnovnega opisa projekta.

Zaenkrat si lahko ogledate zanimivo (a vprašanje, če res prav smiselno) idejo študentov iz škotskega Aberdeena, ki bodo pripravili bakterije Escherichia coli, ki bodo sposobne zaznati mesta v ceveh, ki so korodirana in bodo na mestu luknje v ceveh sintetizirale dvokomponentno proteinsko lepilo, ki naj bi zamašilo mesto puščanja cevi. Svoje projekte že predstavljajo tudi ekipe Bristola, Britanske Kolumbije, Groningena, Illinoisa, Lethbridga, Newcastla in druge. Do začetka avgusta bodo osnovni opisi na voljo za večino prijavljenih ekip.

Prav gotovo bo slovenska ekipa tudi letos predstavila zanimiv projekt in s tem prispevala k imidžu Slovenije kot biotehnološko naprednega okolja (čeprav bi se o tem dalo razpravljati...). Trenutno nas na svetovnem zemljevidu sintezne biologije še ni, čeprav bi nas vsaj glede na dosedanje uspehe na tekmovanjih iGEM tja lahko uvrstili. Sicer sem 'napako' že javil, ne vem pa, če se bo kaj zgodilo...