28. dec. 2007

2008

Vsako novo leto pride hitreje kot prejšnje, vsaj tako se zdi, in tako 'prehiteva' tudi leto 2008. Čeprav sem si predstavljal, da bo konec decembra dovolj časa, da predstavim še nekatere zanimive teme iz sveta molekularne biologije, mi to ni uspelo. Upam, da bo v novem letu bolje in da se boste še vračali na te strani.

Vsem obiskovalcem bloga želim veliko zdravja in uspeha v prihajajočem letu!

17. dec. 2007

Razkrit genom mahu

V četrtek je na spletnem portalu ScienceExpress izšel članek, v katerem so objavili podatke o genomu prvega raziskanega mahu vrste Physcomitrella patens. Morda je za začetek smiselno zastaviti vprašanje, zakaj določevati zaporedje genoma nekega neopaznega mahu, saj je nedokončano delo z določitvijo genoma cele vrste poljskih rastlin in dreves. Na to vprašanje so že pred leti odgovorili na spletnih straneh ameriškega Združenega genomskega inštituta (JGI): gre za evolucijsko staro skupino organizmov s sorazmerno majhnim genomom, so morfološko preprosti, po drugi strani pa osnovni fiziološki procesi potekajo pri mahu podobno kot pri višjih rastlinah. Nekateri primerjajo pomen, ki ga ima ta vrsta mahu za razumevanje višjih rastlin, s pomenom vinske mušice za razumevanje sesalcev. Ali, kot so slikovito zapisali na EurekAlert, dobili smo gensko sporočilo iz davnine, staro 500 milijonov let. Mahovi so bili najverjetneje ene prvih rastlin, ki so naselile kopno.

Genom raziskanega mahu so določili sodelavci iz 44 različnih skupin. Že lani je bilo jasno, da genom predstavlja 27 kromosomov s skupno dolžino okrog 500 milijonov baznih parov. Natančnejše analize pa so pokazale, da je genom nekoliko krajši in da vsebuje zapise za skoraj 36.000 proteinov. To pomeni, da genom, ki je šestkrat manjši od človekovega, zapisuje za polovico več proteinov.

Gotovo so mahovi razvili nekatere posebne prilagoditve, ki jih višje rastline nimajo, saj ima na primer v življenjskem ciklu spore, ker nima žil, pa so morali razviti posebne načine transporta snovi po rastlini. Genom torej nima zapisov za proteine, povezane s cvetenjem, razvojem različnih tipov žil in plodov. Po drugi strani se mah lahko v celoti izsuši, ko pade dež, pa ponovno oživi. Ko bodo raziskali, kako je to mogoče, bi lahko ustrezne gene prenesli v druge rastline. Raziskave bodo gotovo šle v več smeri, od bioinformatskih raziskav na področju primerjalne genomike kot podlaga filogenetskih analiz, funkcionalna genomika bo verjetno z inaktivacijo točno določenih genov poskušala določiti pomen posameznih genov za razvoj rastline, uporabne raziskave pa bodo usmerjene v prenos nekateih genov v kulturne rastline.

11. dec. 2007

O tekmovanju iGEM na Kvarkadabri

Ko že ravno govorim o sintezni biologiji in pravzaprav na blogu že več kot en mesec govorim v glavnem samo o eni stvari, tekmovanju iGEM, naj omenim, da je Peter Cimermančič, študent 4. letnika biokemije in član naše tekmovalne ekipe, na portalu Kvarkadabra objavil svoje vtise o tekmovanju in na kratko opisal, s kakšnimi projekti so se predstavile nekatere druge ekipe.

O sintezni biologiji v Razgledi.net

V nedeljo zvečer sem se potrudil in za spletni časopis (formalno sicer blog) Razgledi.net napisal sestavek o sintezni biologiji. Ker gre za bolj splošen časopis, so raziskovalni detajli povsem v ozadju, pa še tako se bojim, da bo za redne bralce tega časopisa tema preveč strokovna. Če koga zanima, kako splošen sem bil, si članek seveda lahko prebere in presodi sam.

K pisanju me je pregovoril blogger Franc, urednik Razgledov.net Vojko Flegar pa pravi, da si želijo več prispevkov s področja naravoslovja ali povezav med naravoslovjem in družboslovjem. Bi to bil za koga izziv?

9. dec. 2007

Novice iz sveta molekularne biologije

Tokrat bi vse obiskovalce bloga rad povabil, da si ogledate, katere novice iz sveta molekularne biologije in biokemije so se zdele študentom 2. letnika Biokemije tako zanimive, da se so jih odločili predstaviti s seminarjem. Letos morajo študenti sami izbrati novico, jo predstaviti s kratkim povzetkom (~200 besed) na wikiju, s seminarjem v obsegu 1000-1200 besed in s predstavitvijo pred letnikom (5-7 minut), ki ji sledi razprava.

Iz seznama seminarjev je razvidno, da se zdijo študentom najbolj zanimive teme, povezane z medicino, sledi pa nevrobiokemija. Velik delež vsebin z medicinsko tematiko je sicer treba pripisati tudi temu, da na spletnih portalih z novicami s področja ved o življenju prevladujejo objave o raziskovalnih dosežkih v medicini.

Povezave na seznamu vodijo do kratkih povzetkov, ki niso recenzirani, običajno pa je na dnu povezava do novice, iz katere so dobili osnovno informacijo o nekem raziskovalnem delu. Celotni seminarji na spletu niso na voljo, običajno pa vsebujejo predvsem biokemijsko razlago procesa, ki ga opisuje novica.

S tem sem tudi posredno povedal, s čim se ukvarjam marsikateri večer, ko bi sicer sam razlagal novice in jih objavljal na tem blogu. Mogoče bo proti koncu meseca, ko se iztečejo roki za oddajo seminarjev, časa kaj več in se bom ponovno lotil pisanja 'po starem'.