29. jun. 2010

iGEM 2010

Tekmovanje študentskih ekip iz sintezne biologije iGEM bo seveda potekalo tudi letos. Ekipe se bodo srečale med 5. in 8. novembrom na ameriški univerzi MIT. Do danes se je prijavilo 129 ekip, pri čemer so zelo enakomerno zastopane ZDA (37 ekip), Evropa (38) in Azija (38). Lani je bilo prijavljenih 111 ekip.

Do 16. julija morajo ekipe sporočiti, kaj okvirno bodo v svojih raziskavah obravnavale. Do takrat pa je mogoče videti le nekaj osnovnih podatkov samo za posamezne ekipe.

Slovensko ekipo sestavlja 8 študentov in 5 mentorjev pod vodstvom prof. Romana Jerale iz Laboratorija za biotehnologijo Kemijskega inštituta. V študentsko ekipo so se uvrstili Jure Bordon (Računalništvo in informatika), Tina Ilc (Biokemija), Matej Žnidarič (Biologija), Tina Lebar (Biotehnologija), Rok Pustoslemšek (Računalništvo in informatika), Jernej Turnšek (Biotehnologija), Tjaša Stošicki (Biotehnologija) in Nejc Tomšič (Medicina). Kot svetovalec ekipe je naveden Miha Moškon, asistent na Fakulteti za računalništvo in informatiko. Na kratke opis tematike raziskovalne naloge pa bo treba počakati vsaj še dva tedna...

7. jun. 2010

Rastlina po vašem načrtu

Kot je na svoji spletni strani objavila revija Nature (2. junija), so na Japonskem razglasili tekmovanje iz sintezne biologije, na katerem ne bo nagrad, ne bo treba izvesti nobenega laboratorijskega poskusa, treba pa bo imeti izvirne ideje. Izhodišče je rastlina navadni repnjakovec (bolj znana pod latinskim imenom Arabidopsis thaliana), prva, ki so ji določili genomsko zaporedje in modelna laboratorijska rastlina. Praktična za delo je, ker ni velika, se dokaj hitro razvije in ima veliko število semen, sicer pa deluje zelo podobno kot ostale rastline, čeprav ima sorazmerno majhen genom.

Repnjakovec je za nebiologa neugledna in nekoristna rastlina, navaden droben plevel, čeprav raste tudi po vsej Sloveniji od nižin do gora in v resnici ne predstavlja resnega problema v kmetijstvu. Ker pa rastlino tako dobro razumemo, je bila na nek način logična ideja, da bi lahko s pristopi sintezne biologije iz tega plevela ustvarili kaj koristnega. Toda kaj?

Tekmovanje iz sintezne biologije rastlin je torej odprto in sodeluje lahko vsak... ki ima potrebno znanje iz rastlinske fiziologije, genetike, bioinformatike in genske tehnologije. Organizator tekmovanja GenoCom (genome competition) - je inštitut RIKEN. Za začetek so postavili tekmovalcem konkretno nalogo. Ta je, da določijo tista nukleotidna zaporedja, ki bi repnjakovcu omogočila, da bi odstranjeval in razgrajeval formaldehid iz zraka. Take rastline so japonski raziskovalci sicer že pripravili, so pa precej neučinkovite, zato si želijo dobiti novih idej za genetsko spreminjanje.

Po oceni inovativnosti in izvedljivosti bodo najboljše predloge (računajo, da bo inovativnih med 20 in 30 predlogov) uporabili za izvedbo eksperimentov in v resnici pripravili rastline z geni, ki jih bodo predlagali tekmovalci. Predlagana dolžina genskega vključka je 2000 baznih parov, vnaprej pa je določen tudi vektor, ki ga bodo uporabili za vnos gena v rastline.

Mislim, da je naloga precej težja kot se morda zdi na prvi pogled. Prvič, 2000 bp ne zadošča za uvedbo celotne nove razgradne poti, zato bo treba novi gen vključiti v obstoječe metabolične poti v rastlini. Drugič, sama vključitev DNA, ki zapisuje za nek encim, ne zadošča, da bi prišlo do kontroliranega izražanja tega gena in to v zadostni meri, da bi se nova lastnost tudi v resnici uveljavila. Zato pa je izziv še toliko večji...

Znana je tudi že naloga za naslednje leto: določiti gen(e), ki bi repnjakovcu omogočil(i) preživetje v sušnih pogojih.

Eden od pomembnih razlogov, da je do tekmovanja sploh prišlo, je, da se o sintezni biologiji govori že več let, oprijemljivih rezultatov pa večinoma še nismo videli. Rastline, ki bi razgrajevale formaldehid, bi lahko posadili v korita v stavbah, ki so grajene ali opremljene s pohištvom, ki vsebuje formaldehidne spojine. Te uporabljajo kot veziva, lepila ali za impregnacijo, za človekovo zdravje pa so formaldehidi nevarni. Pride lahko do draženja sluznic, razvoja alergijske reakcije, okvar dihal, razvijejo pa se lahko tudi rakave bolezni.

V naslednjem letu se obeta še eno tekmovanje iz sintezne biologije, ki pa bo namenjeno predvsem uveljavljenim raziskovalnim skupinam. To tekmovanje se imenuje s kratico CAGEN (kratica za 'kritično ovrednotenje genetsko načrtovanih mrež'), podrobnosti pa bodo znane konec letošnjega leta.

1. jun. 2010

Človekov genom prišel v BTC

Končno greste lahko v Ljubljanski BTC še po kaj drugega kot zapravljat denar! V kleti Emporiuma bodo v četrtek (3. junija) ob 11. uri odprli razstavo Človeški genom, ki jo je zasnoval biokemik dr. Nejc Jelen, družba BTC pa jo je pripravila v sodelovanju s Slovensko znanstveno fundacijo. Nejca morda poznate po blogu Kavarna ob robu vesolja in po oddaji Frekvenca X na Valu 202.

Na plakatih je na poljuden in vsem razumljiv način razloženo, kaj je zapisano v človekovem genomu in kako pride do dedovanja genov in s tem do razvoja številnih človekovih lastnosti. Predstavljen bo tudi večji model molekule DNA, na ekranu pa si bo mogoče ogledati kratke animacije, povezane z raziskovanjem genoma in prenosa genetske informacije. Razstava bo odprta do jeseni in to vsak dan (razen nedelje) med 9. in 20. uro.

Od določitve človekovega genoma mineva 10 let, prihaja pa obdobje osebne genomike, ko bodo ključne genetske značilnosti vsakega posameznika vsaj v razvitem svetu del zdravstvene kartoteke (datoteke).