7. nov. 2011

iGEM 2011: Rezultati

Dve uri nazaj so objavili dobitnike nagrad na tekmovanju iz sintezne biologije iGEM. Srečanje ekip, ki so se uvrstile v finale, je potekalo od 5. do 7. novembra na univerzi MIT v Cambridgu v ZDA.

Veliko nagrado je osvojila ekipa Univerze v Washingtonu, na drugem mestu je Imperial College London, na tretjem pa ZJU (Kitajska). V izboru finalistov svetovnega tekmovanja so bili tudi domačini, ekipa MIT, ki pa je zasedla prvo mesto v kategoriji zdravje/medicina. Razen treh najboljših v skupni uvrstitvi so razglasili še vrsto nagrajencev po posameznih kategorijah.

V kategoriji projektov s področja ekologije je zmagala ekipa Calgaryja, v kategoriji prehrana in energija sta zmagali ekipi univerz Yale in Washington, najboljši proizvodni projekt je pripravila univerza Cornell, na področju novih aplikacij sta nagrajeni ekipi Brown-Stanford in ZJU (Kitajska), za največji napredek v temeljni znanosti UC Davis, za najboljšo uporabo informacij ETH Zürich, za izrabo človeških virov pa Bangalore in Edinburgh.

Najboljši poster so izdelali (in ga najbolje predstavili) študenti Univerze v Washingtonu in Imperial College London, najboljši softver je delo BU-Wellesley, najboljša softverska izraba registra bioloških delov je delo METU-BIN Ankara, nagrado za najboljši projekt po mnenju udeležencev zaključnega srečanja pa sta dobili Tokyo Tech in Imperial College London.

Na prvih treh mestih torej ni prišlo do presenečenja, saj je zmagovalna ekipa bila prva že na področnem tekmovanju za Ameriko, drugouvrščena ekipa je bila zmagovalka evropskega tekmovanja, tretjeuvrščena pa je bila prva na azijskem področnem srečanju. To kaže na podobnost pogledov sodnikov na kvaliteto raziskovalnega dela, čeprav je zelo verjetno, da je bilo precej sodnikov v isti vlogi tako na področnih kot na zaključnem srečanju ekip.

Ker sem zmagovalne projekte predstavil že pred dvema tednoma, naj tokrat ostane samo pri kratkem poročilu o nagrajencih. Obveščanje o tekmovanju je bilo letos bolj sprotno, saj so organizatorji poskrbeli za obveščanje preko Twitterja, organizirali pa so tudi skupino bloggerjev, ki so sproti opisovali dogajanje, tako da smo o nekaterih zanimivih predstavitvah projektov zvedeli takoj po končanih predavanjih, vključno z vprašanji, ki so jih postavili sodniki ali publika. Finalne predstavitve pa si je bilo mogoče ogledati tudi v živo (in zdaj v posnetku).

6. nov. 2011

BIOMOD 2011 - tekmovanje iz nanobiotehnologije

Ta konec tedna vsega dober kilometer narazen v Cambridgu v ZDA potekata dve pomembni študentski tekmovanji iz sintezne biologije: iGEM na univerzi MIT in BIOMOD na Harvardovi univerzi. O iGEM-u sem že pisal, zato naj tokrat povem nekaj več o tekmovanju iz nanobiotehnologije BIOMOD.

Gre za tekmovanje iz oblikovanja biomolekul, na katerem ekipe dodiplomskih študentov v času od pomladi do jeseni izvajajo projekt na temo samoorganiziranja bioloških makromolekul v kompleksne nanostrojčke, ki bi bili uporabni v tehnologiji ali za raziskave.

Letos je tekmovalo 21 ekip, med njimi tudi slovenska ekipa, ki je projekt pripravila na Kemijskem inštitutu. Ekipo so sestavljali trije študentje (Vid Kočar, študent biokemije, ter študenta biotehnologije Jernej Turnšek in Marko Verce) in trije mentorji (prof. Roman Jerala, dr. Iva Hafner Bratkovič in Rok Gaber).

Na srečanju sodelujočih ekip, ki je potekalo v soboto (5.11.) so podelili tudi več nagrad. Zmagala je ekipa Univerze Aarhus z Danske, drugo mesto je zasedla ekipa iz Tokia, tretje pa gostitelji srečanja, Harvardova univerza. Slovenska ekipa je zasedla 2. mesto za izdelavo wiki predstavitve in 3. mesto za video, za projekt kot celoto pa zlato priznanje (tako kot še 9 drugih ekip).

Zmagali so torej študentje iz Aarhusa, ki so se poimenovali Danski nanoumetniki. Izdelali so oktaedre (dvojne piramide) iz molekul RNA, iz katerih lahko encim izcepi do 5 molekul interferenčne RNA (ki lahko zavre sintezo točno določenih proteinov) ali pa sprosti zdravilo, zapakirano v oktaeder.

Japonska ekipa Univerze v Tokiu in Tokijskega inštituta za tehnologijo je izdelala predhodnika nanorobota, ki ima na mikrometrskem 'trupu' številne izrastke, nekakšne migetalke, ki so v resnici molekule deoksiribocimov, torej katalitično aktivnih molekul DNA. Ta 'robot' je za zdaj sposoben naključnega gibanja, premikanja po črti in zbiranja na osvetljeno točko.

Ekipa s Harvarda, ki je bila tretja, je pripravila nanoškatle iz DNA, v katere je mogoče naložiti nanodelce zlata in jih nato kontrolirano sprostiti iz škatle. Čeprav se sliši enostavno, je v resnici na molekulski ravni precej zapleteno.

Slovenska ekipa si je nadela ime Bionanočarovniki. Pripravili so 'dodatke' za zgubanke iz DNA (DNA-origami): z uvedbo posebnih zaporedij so DNA-konstruktom dodali funkcijo, ki jo določajo DNA-vezavni proteini iz skupine cinkovih prstov. Razen tega so uspeli razviti postopek za nalaganje več plasti zgubank, kar naj bi bilo izhodišče za nanoelektronske komponente.  

Tekmovanje bodo predvidoma naslednje leto ponovno izvedli, saj so organizatorji bili zelo zadovoljni z odzivom in letošnjimi projekti.