26. okt. 2011

10 dni do srečanja iGEM 2011

Aprila sem pisal o novostih v organizaciji tekmovanj študentskih ekip iz sintezne biologije. Ker je zanimanje za tekmovanje po vsem svetu preraslo prostorske možnosti organizatorjev na univerzi MIT, so se odločili za tri področna predtekmovanja.

Prvo predtekmovanje je potekalo v Amsterdamu za evropske in afriške ekipe 1. in 2. oktobra. Področni prvak je postala ekipa univerze Imperial College London, ostala finalista pa sta bila univerza Paris Bettencourt in WITS-CSIR (Johannerburg, Južnoafriška republika). Na svetovno srečanje se je uvrstilo 20 ekip, med njimi tudi ekipa tržaške univerze, ki je letos sodelovala prvič.

Zmagovalna evropska ekipa je predstavila projekt, ki je imel za cilj razviti način za zmanjševanje erozije. Razvili so bakterije, ki so bile sposobne poiskati korenine rastlin in se vključiti v koreninsko tkivo. V njem so bakterije začele proizvajati rastlinski hormon (avksin), ki je stimuliral rast korenin. Močnejše korenine namreč preprečujejo erozijo zemlje z vetrom ali dežjem. Dodatno pa so izdelali sistem, ki naj bi preprečeval uhajanje genetsko spremenjenih bakterij v okolje.

Na ameriškem tekmovanju, ki ga je organiziral med 8. in 10. oktobrom Inštitut za biološko inženirstvo v Indianapolisu (v zvezni državi Indiana). Sodelovalo je več kot 70 ekip, zmagala pa je ekipa Washingtona. Finalisti so bili še Yale, Lethbridge in Brown-Stanford, na zaključno tekmovanje pa se je uvrstilo 27 ekip.

Študenti z Univerze v Washingtonu so zasnovali trodelni projekt. Pripravili so bakterije, ki sintetizirajo različne alkane, bistvene sestavine dizelskega goriva. V drugem delu so poiskali encim, ki razgrajuje gluten, nato pa so ta encim izboljšali tako, da bi ga bilo mogoče vzeti kot zdravilo, ki bi v črevesju pomagalo razgrajevati gluten (s katerim imajo nekateri ljudje velike težave). Na koncu so se ukvarjali še z razvojem sinteznobioloških (molekularnih) orodij, ki naj bi jim omogočila pripraviti magnetne bakterije.

Zadnje področno tekmovanje je bilo v Hong Kongu 15. in 16. oktobra. Zmagala je univerza Zheijang (ZJU), na svetovno srečanje pa potuje skupaj 18 študentskih ekip z azijskega tekmovanja. Za prvo nagrado so študenti ZJU razvili bakterije, ki so rasle v obliki biofilma. Taki biofilmi vsebujejo več plasti celic, v vsaki plasti pa je z globino vse manjša koncentracija kisika. Ugotovili so, da je mogoče ravno zaradi različnih koncentracij kisika aktivirati različne gene v različnih plasteh celic. To je lahko uporabno na primer v večstopenjskih reakcijah, pri katerih bi produkt ene plasti celic lahko prevzele celice iz naslednje plasti in ga predelale v neko drugo snov. Tako bi spodnji sloj celic lahko celulozo razgradil do manoze, zgornji pa bi jo predelal v bioetanol. Podobno bi lahko razvili senzorje v obliki biofilmov.

Rezultati vseh treh tekmovanj so dostopni na spletni strani iGEM, kjer bodo v prihodnje na voljo tudi povezave do posnetkov predstavitev posameznih ekip. Zaenkrat pa si je mogoče ogledati njihove wiki strani z opisi projektov.

Ni komentarjev: