19. apr. 2011

Študenti o epigenetiki

Po bolonjski prenovi študija Biokemije letos prvič izvajamo predmet Molekularna biologija v 2. letniku. Ko sem razmišljal, kako bi organiziral seminarje, sem se odločil, da vse seminarje posvetimo isti temi, tako da vsi študenti v letniku opišejo različne vidike istega področja.

Vodilna tema letošnjih seminarjev so epigenetske spremembe v celici in organizmu - to so lastnosti, ki se lahko dedujejo, a niso zapisane z nukleotidnim zaporedjem na DNA. Gre predvsem za metilacijo nukleotidov, ki spremeni izražanje genov, in za kemične spremembe histonov, proteinov, na katere je navita DNA v jedru.

Skupaj 15 seminarskih tem je na kratko predstavljenih na spletu, ta teden pa sledijo še predstavitve v predavalnici. Če koga to področje zanima, jih lahko pride spremljat v veliko predavalnico IJS (Jamova 39) in to 20.4. od 10:20 do 12h (teme 1-7) in 22.4. od 10:40 do 12:30 (teme 8-15).

Seznam tem in povezave do povzetkov (ki niso niti lektorirani, niti recenzirani):

13. apr. 2011

iGEM letos brez slovenske ekipe

Kot sem najavil že novembra lani, letos študentsko tekmovanje iz sintezne biologije poteka po spremenjenih pravilih, dvostopenjsko. Lani so pričakovali, da se bo leta 2011 na tekmovanje prijavo okoli 165 ekip z vsega sveta, do roka, ki je potekel 31. marca letos, pa se jih je prijavilo 153. Ekipe so razdeljene v tri regije, ki bodo imela svoja (pred)tekmovanja v oktobru.

Evropsko prvenstvo, na katerem bodo razen 44 evropskih univerz tekmovale še tri afriške ekipe, bo v Amsterdamu 1. in 2. oktobra letos. Na vseameriškem prvenstvu se bo srečalo 61 ekip Severne, Srednje in Južne Amerije 7. in 8. oktobra v Indianapolisu, azijsko prvenstvo, na katerem bo sodelovalo 47 ekip iz Azije in Avstralije, pa bo teden dni kasneje v Hong Kongu. Najboljše ekipe s teh treh regionalnih tekmovanj se bodo med seboj pomerile na ameriški univerzi MIT v Cambridgu 5. do 7. novembra.

Letošnja novost je tudi predvideno tekmovanje (ameriških) srednješolskih ekip, vendar so se prijavile le tri šole, zato to tekmovanje ne bo tako zanimivo kot tekmovanje univerzitetnih ekip.

Kot sem omenil že v naslovu, letos ni prijavljene slovenske ekipe, ki jo je doslej vodil dr. Jerala s Kemijskega inštituta. Kolikor vem, je razlog ta, da v njegovih laboratorijih še dokončujejo projekte s preteklih tekmovanj. V času, ki je sicer vsako leto predviden za pripravo študentskih projektov, namreč ni mogoče opraviti vseh tistih eksperimentov, ki bi bili potrebni za zaključek raziskav, na tekmovanje pa je mogoče priti le z zanimivimi novimi projekti. Zato je razumljivo, da so se odločili za enoletno odsotnost s tekmovanj iz sintezne biologije.

Ljubljani najbližja ekipa je na tržaški univerzi, ki se je letos prijavila prvič. Ekipo bo vodil dr. Manfioletti z Oddelka za vede o življenju.

4. apr. 2011

Richard Feynman: ustvariti, ne zgraditi

Richarda Phillipsa Feynmana tudi pri nas poznajo (predvsem) matematiki in fiziki. Ta ameriški znanstvenik (1918-1988) je dobil Nobelovo nagrado za fiziko leta 1965 in to za raziskave kvantne elektrodinamike, ki so močno vplivale na fiziko osnovnih delcev. Da ga je zanimala tudi biologija, je morda manj znano, a ga je, saj je imel veliko prijateljev, ki so delali na področju genetike in drugih ved o življenju. Dobro, bil je tudi bobnar, slikar in predvsem dober učitelj, ki je baje rekel, da če nečesa ni mogoče razložiti brucu, potem tega še nismo dovolj dobro raziskali. Obstaja vrsta skoraj že pregovorov, ki jih pripisujejo Richardu Pheynmanu. Med temi je tudi stavek: Česar ne morem ustvariti, ne razumem. Napisan je bil na tabli v njegovem kabinetu na inštitutu Caltech, ko je umrl (druga tabla levo zgoraj na sliki). Sicer pa so bile baje njegove zadnje besede: Ne bi rad dvakrat umrl. Tako dolgočasno je.

S svojim pestrim življenjem in vpetostjo v več znanstvenih področij je postal ena najbolj vidnih osebnosti svojega časa v Ameriki. Stavek s table je postal tako znan, da so se ga odločili vključiti kot skrito besedilo (tako imenovan vodni tisk) tudi v sintezni genom bakterije Mycoplasma mycoides. Avtorji genoma tega niso vnaprej objavili, zato so se številni strokovnjaki lotili iskanja s primerjavo sinteznega in naravnega genoma. Pri tem pa so bili presenečeni, saj v genomu ni pisalo točno tako, kot je napisal Feynman na tablo, pač pa: Česar ne morem zgraditi, ne morem razumeti. Seveda za sintezne biologe ustvariti in zgraditi ni eno in isto: ustvarite lahko na papirju, zgraditi pa pomeni izvesti v praksi, tako da lahko preverimo, ali deluje.

Craig Venter, idejni oče 'sintezne bakterije', je priznal napako in prejšnji mesec na predavanju omenil, da bodo napako popravili, tako da bo v genom vključeno pravilno besedilo, poroča Forbes. O tem na kratko piše tudi The Scientist.

Razen znamenitega Feynmanovega stavka vodni tisk (nekateri mu pravijo tudi DNA-podpis) vsebuje tudi imena raziskovalcev, ki so delali na projektu, kratko kodo v jeziku HTML, e-poštni naslov, citat Jamesa Joycea in še en citat, pripisan Robertu Oppenheimerju. Besedilo je vpisano tako, da ga v glavnem lahko beremo z enočrkovnimi oznakami aminokislin (trije nukleotidi zapisujejo za eno aminokislino). Način zapisovanja je opisan v Wikipediji.