4. jun. 2008

Maj, junij

Konec semestra... Maj je vedno najbolj naporen in prav čudi me, kako sem lani uspel na blogu objaviti toliko novic. Gotovo je eden od razlogov, da sem letos obljubil vsaj še en del komentarjev na trditve nasprotnikov GS hrane in GSOjev sploh. Najprej se mi je zdelo, da tega tako ali tako ne bo nihče bral, potem pa sem s par koncev slišal, da se kljub dolžini prispevek da prebrati. In da se že veselijo nadaljevanja. Tako zdaj drugi del ni več nekaj za svoje veselje in postaja nekašna obveznost - to pa ni več to. Torej, drugi del pride, a ne vem točno, kdaj to bo. Mogoče šele julija.

Kaj se je dogajalo v maju na področju novih biologij? Izpostavil bom samo dve - povsem različni - novici. Prva je s področja genomike. Najbrž ste tudi drugje zasledili, da so objavili osnutek genoma kljunaša. O tem sta pisala RTV SLO in Mladina, originalni članek pa je izšel 8. maja v reviji Nature. Je rezultat sodelovanja kar 32 raziskovalnih skupin, projekt pa so zasnovali jeseni leta 2003. Čeprav cene določanja nukleotidnih zaporedij padajo, pa je določitev zaporedja celotnega genoma še vedno ogromen zalogaj, saj pred objavo v povprečju vsak nukleotid preberejo vsaj šestkrat. Pri skupni dolžini 2,2 milijarde nukleotidov je to bilo okrog 15 milijard nukleotidov. Kljunaš ima 52 kromosomov (ne parov), na katerih so zapisi za dobrih 18.000 proteinov. Spol je določen z 10 kromosomi. Tako kot ima žival lastnosti, podobne plazilcem, pricam in sesalcem, tako tudi genom vsebuje lastnosti vseh treh velikih skupin vretenčarjev.

Druga novica pa se zdi zelo postranska, a morda ni. V irski pivnici Asgard v ameriškem Cambridgu se je 1. maja ob sedmih zvečer zbralo okrog 25 zanesenjakov, ki sodelujejo v skupini DIYbio. Kratica pomeni "do it yourself bio" (biologija naredi si sam), ne gre pa za ukvarjanje z rožami in metulji, pač pa za biološko inženirstvo. Kdor bi želel, bi lahko doma pripravil konstrukte in z njimi preizkušal ideje, proizvajal zanimive snovi ali ustvarjal biološka vezja. Mariskaj se da narediti s preprostimi napravami (npr. PCR-termostat za 10 USD) in reagenti, so ugotovili in želijo zbrati recepture za nekatere osnovne postopke v molekularni biologiji, načrte za preproste aparature in podobno. Skratka, izhajajo iz tega, da je biološka tehnologija vendarle 'samo' tehnologija. Tako kot lahko nekdo v garaži sestavlja mehanske ali elektronske naprave, bi bilo mogoče pripraviti tudi biološke naprave. In pojem 'garažnih firm' je vsaj v ZDA še vedno sinonim za zmogljive in profitabilne nove tehnologije, kakršna je bila računalniška ob koncu sedemdesetih let prejšnjega stoletja. Med udeleženci sestanka sta bila očitno tudi Tom Knight (MIT) in Pamela Silver (Harvard), dva od pionirjev sintezne biologije. Na sestanku so pripravili seznam nalog, ki je javno dostopen. Glede na to, da je za večino projektov treba pripraviti gensko spremenjene organizme, tovrstno delo v domači garaži ali kabinetu v Evropi ni dovoljeno, vprašanje pa je, kako bo s tem v ZDA. Omenjajo skupne delovne prostore, v katerih bi lahko opravljali preproste poskuse. Za nekatera druga področja eksperimentiranja take delavnice v Ameriki že obstajajo in morda bodo v bodoče imele tudi molekularnobiološke laboratorije za tiste, ki bi si kot hobi izbrali biotehnologijo.

3 komentarji:

Okapi pravi ...

Izvirnega članka o kljunaševem genomu sicer nisem prebral, ampak imam občutek, da so ga povzemali precej "po domače", zlasti v tistem "senzacionalističnem" delu, da ima lastnosti plazilcev, ptic in sesalcev. Določene lastnosti plazilcev s(m)o podedovali vsi sesalci, med njimi tudi nekaj takih, ki so jih podedovale tudi ptice.

Ali drugače povedano, tudi ljudje imamo veliko takih genov, ki jih imajo tudi plazilci in ptice.

Kot primer ptičje kljunaševe lastnosti na primer pogosto navajajo kljun. Ampak to je v resnici povsem plazilska lastnost. Številni plazilci si imeli kljun, med sodobnimi ga imajo želve.

Sem pa skoraj povsem prepričan, da pravih "ptičjih" lastnosti (= genov), torej takih, ki so se razvile šele pri pticah (oziroma vsaj pri tistih njihovih plazilskih prednikih, ki niso tudi predniki sesalcev), kljunaš nima. Kljunaš se je razvil iz istega plazilskega prednika kot vsi sesalci, ptice pa so se razvile iz drugega plazilskega prednika.

Če bi se izkazalo, da ima kljunaš res kakšne "ptičje" gene, bi to očitno pomenilo, da so se razvili iz skupnega prednika ptic in plazilcev, ki si ga ne delijo s sesalci. V tem primeru bi ga morali "izključiti" iz sesalskega razreda in podrazred stokovcev "povišati" v samostojen vretenčarski razred. Kar bi bilo sicer čisto zanimivo, ampak kot vem, se za zdaj še nič takega ni zgodilo.

Nikolaj.

Marko Dolinar pravi ...

Okapi/Nikolaj,

verjetno je razlog za res nekoliko poenostavljeno interpretacijo, da 'kljunaš je podoben ptiču, ker ima tudi ptičje gene', v tem, da so raziskovalci podatke o genomu kljunaša lahko primerjali samo z drugimi genomi, ki so že v celoti znani. Podobnost s sesalci so ugotavljali s primerjavo z mišjim, pasjim, človeškim in genomom oposuma, podobnost s plazilci in pticami (Sauropsida) pa s primerjavo z genomom kokoši, saj doslej še niso določili genoma nobenega plazilca. Zato tudi v resnici ni bilo mogoče zagotovo trditi, katera lastnost je izključno plazilska in katera ptičja.

Kot podobnost s pticami sicer navajajo razporeditev genov na spolnih kromosomih (podobnost s kokošjim kromosomom Z), vendar je tudi tu težko reči, da gre za posebnost ptic, dokler ne poznamo genoma plazilcev. V članku se avtorji zato tudi redko sklicujejo na genomske lastnosti ptic, pač pa govorijo splošneje o plazilskih genih (leženje jajc, zgradba mrežnice in sinteza strupa).

Okapi pravi ...

V mislih sem sicer imel predvsem prispevke v javnih občilih. Ampak tudi drugače verjetno ne bi smeli govoriti o ptičjih genih, ampak kvečjemu o plazilskih genih, ki jih imajo tudi ptice.

Kar se pa plazilskih genov tiče, si sedaj večina ljudi tudi verjetno napačno predstavlja, da je kljunaš nekakšen križanec med plazilci in sesalci, in da drugi sesalci nimajo nobenega plazilskega gena. V resnici ima kljunaš samo nekaj malega več plazilskih genov kot drugi sesalci, kar pa tudi ni prav nobeno presenečenje. Bilo bi presenečenje, če bi bilo kako drugače.

Že dolgo vemo, da kljunaši ležejo jajca in sedaj so odkrili še gen za leženje jajc. Presenečenje bi bilo, če ga ne bi odkrili.

Skratka, kar sem hotel povedati, je to, da so tovrstni prispevki v javnih občilih sicer zanimivi, ampak pogosto v resnici samo pripomorejo k širjenju napačnih predstav.

Znanstvenike, ki so določali kljunaš genom, pa seveda po svoje tudi razumem. Hoteli so narediti reklamo za svoje delo in so pač predstavitev rezultatov zastavili malo bolj populistično/senzacionalistično.

Razen, če se bo morda res izkazalo, da so kljunaši ločen razred, potem so pa imeli čisto prav:-)

Nikolaj.