29. okt. 2008

Osebna genomika - potegavščina ali (niti) ne?

Zadnje dni slišimo o podjetju Gene Planet z vseh koncev - včeraj zvečer na TV v Odmevih, na portalu MMC, danes o njih (upravičeno) kritično piše Nejc Jelen v svojem blogu... kaj je torej s tem podjetjem in kaj osebna genomika res zmore?

Po tem, kar piše na spletni strani podjetja, bodo novembra začeli izvajati analize genomov (ki bodo stale 299 EUR), rezultati pa bodo za vsakega posameznika kazali nagnjenost k razvoju nekaterih bolezni, možnost reakcij na določena zdravila, morebitne posebne lastnosti (tu pogosto poudarjajo talentiranost, a uradno na spletni strani izpostavljajo gene, ki vplivajo na dolgost življenja, odvisnost od nikotina, zaznavanje grenkega ipd.), izvor prednikov in seznam ljudi s podobnimi genomskimi lastnostmi. Veliko ali malo za 300 EUR? Vprašanje verjetno ni pravo, vsaj dokler se ne vprašamo, ali je zanesljive odgovore na vsa vprašanja res že mogoče dati z analizo genoma. In odgovor je preprost: vsega genom ne more povedati, omogoča pa, da se podjetje podpiše pod nekatere izjave, ki bodo nekatere na ravni splošnega, drugič pa bolj konkretne. Vseeno bolje kot vedeževanje iz kart...

Res je, kar omenja Nejc, da je usposobljenost ekipe podjetja Gene Planet lahko vprašljiva, saj trenutno o tem, kdo v ekipi sploh je, ni gotovih podatkov. Vemo, da je direktor podjetja Marko Bitenc (član študentske ekipe, ki je zmagala na tekmovanju iz sintezne biologije iGEM leta 2006 [popravek 1.11.: pravilno - leta 2007]) - po izobrazbi biotehnolog - študiral je v Ljubljani in na Nizozemskem, na eni od slik na spletu prepoznam še absolventa biokemije Petra Cimermančiča, ki je sodeloval v isti zmagovalni ekipi. Podjetje ima očitno slovenski sedež v starem ljubljanskem tehnološkem parku (če so podatki na njegovi spletni strani še pravilni), čeprav je na straneh podjetja naveden samo en naslov, ki pa je v centru Dublina na Irskem - glej ga šmenta, slučajno ravno na naslovu, znanem iz irske zgodovine po dogodku, imenovanem Krvava nedelja (21. novembra leta 1920 so v tej hiši umorili štiri angleške tajne agente). Cene najema pisarn v tem delu mesta so okrog 5 EUR [popravek 1.11.: pravilno - okrog 50 EUR] na kvadratni meter na mesec... ne verjamem pa, da bi tam bil kakšen laboratorij.

Genomske analize takega tipa, kakršne nam ponuja Gene Planet, opravljajo v ZDA že dalj časa (no, v tej branži dve leti nista tako malo) - če primerjate vsebino servisa deCODEme in tega, kar oglašuje Gene Planet, boste gotovo našli precej vzporednic. Ali pa si oglejte spletno stran podjetja 23andMe, ki ponuja podobne usluge za 399 USD. No, pri tem podjetju povedo o tehnologiji, ki jo uporabljajo, vseeno nekaj več kot ostali. Analiza je v resnici določitev ~600.000 tistih mest v celotnem genomu, ki so sorazmerno variabilna in ki lahko dajo nekatere informacije o lastnostih človeka. Uporabljajo komercialne biočipe podjetja Illumina z okrog 550.000 sondami, ki po vezavi razrezanega genoma dajejo informacijo o nukleotidih na izbranih variabilnih mestih. Tehnologijo se da kupiti, da pa se analize tudi opraviti drugod in tako verjetno počne velika večina ponudnikov izdelave DNA profila posameznikov.

Če je analiza izvora prednikov v ZDA še kolikor toliko zanimiva zadeva, saj gre za izrazito multietnično okolje, bodo rezultati za slovensko populacijo bržkone dokaj dolgočasni, saj bo praktično pri vseh pisalo kaj takega kot 'imate prednike, ki izhajajo iz Srednje Evrope in Jugovzhodne Evrope'. Nekaj teh podatkov bo verjetno temeljilo tudi na analizi variabilnih mest v genomu mitohondrijev, ki jih dedujemo le po materini strani.

Če smo pošteni, bi morali priznati, da podjetje v Sloveniji ni ravno inovativno, je pa sorazmerno hitro zagrabilo tujo idejo, ki temelji na najsodobnejši tehnologiji. OK, ideja je bila dokaj logična, ko se je pojavila delujoča in zanesljiva tehnologija in ko so se v literaturi nabrali dovolj verodostojni podatki o tem, kaj katera varianta v genomu pomeni na ravni celotnega organizma. Malo bolj strokovno povedano, polimorfizme posameznih nukleotidov (SNP-je) je bilo treba povezati s fenotipi, pazljivo je treba brati rezultate projekta HapMap (analize haplotipov) in sestaviti celotno sliko. Čez dve leti bodo podatki bolj zanesljivi, analize cenejše in analiziranih lastnosti več.

Očitno so ocenjevalci inovativnosti v podalpskih geografskih širinah predvsem ekonomisti, ki razmišljajo, kaj se bo prodajalo, čeprav raziskovalci inovativnost presojamo drugače kot skozi morebitni profit. Ampak priznajmo, fantje in punce (da so zraven tudi punce, je mogoče reči po tem, da piše, da imajo v firmi ženske 'povprečno tveganje za razvoj prstnega raka' [30.10. 0b 00:20] - no, tega pa ni pisal biokemik, vsaj upam, da ne...) so se znašli, bili so prepričljivi, pravi trenutek na pravem mestu so oblekli suknjič in kravato in to jim je prineslo par vidnih uvrstitev - podjetje z najboljšim poslovnim načrtom in uvrstitev med osem finalistov slovenskega tekmovanja start-up podjetij (marec 2008) ter med 30 top inovacij na 3. Slovenskem forumu inovacij (oktober 2008). Recimo, da jim čestitamo za korajžo, za ostalo pa je še čas.

13 komentarjev:

Genelitik pravi ...
Avtor je odstranil ta komentar.
katja pravi ...

manjša napaka v zgornjem tekstu - iGEM ekipa 2007, ne 2006

ajda pravi ...

Kaj vse človek prebere na blogih od sicer dobrih profesorjev v predavalnici!?

Dajte se zacet razlagat kaj o teorijah zarote, o 9.11 in o tem da nismo bili na Luni. Svasta. Nekako na isti ravni je tole.

Genelitik pravi ...
Avtor je odstranil ta komentar.
Marko Dolinar pravi ...

Hm, ajda, ne vem, kaj ima moj pogled na podjetje s teorijo zarote... Sem se v čem zmotil? No, v čem - prav z veseljem bi si malo dopisoval o tem (na blogu)!

Nisem rekel, da osebna genomika nima prihodnosti. Nisem tudi rekel, da se z osebno genomiko ne da zaslužiti. Kritiziral sem samo pogled na 'inovativnost', saj je ideja inovativna samo v poslovnem smislu in v okoljih, ki niso ravno na tekočem z novostmi na tem področju v svetu. Analiz po mojem ne bodo delali v Sloveniji (in bi bilo verjetno tudi neekonomično) - kaj potem še ostane? Interpretacija - ta pa je tako ali tako osnovana na tujem znanju in bo verjetno tudi v veliki meri prepisana/prevedena...

Moj pogled, seveda.

Marko Dolinar pravi ...

katja, hvala za popravek - lanska ekipa je bila iGEM 2007, ne 2006...

Marko Dolinar pravi ...

V komentarjih na blogu Kavarna ob robu vesolja se je oglasila ni_si, ki ima očitno nekaj več informacij kot jih je mogoče najti na spletu. Pravi, da je firma "genEplanet bilo slovensko podjetje, ki razvilo ponudbo in tako dobilo investicijo v obliki tveganega kapitala. In to Slovensko podjetje NIMA nikakršne veze s tole storitvijo - res pa je, da da nekaj slovencev pomaga pri trženju v Sloveniji." "Gene Planet Ltd je pa novonastalo Irsko podjetje, ki bo uporabljalo storitev v globalnem smislu."

To bi zdaj lahko razumeli takole: Slovenci (genEplanet) so naredili 'ponudbo' in dobili kapital. na Irskem je nekdo ustanovil podjetje z zelo podobnim imenom (Gene Planet), da 'storitev' izpelje po vsem svetu. Slovensko podjetje nima zveze s storitvijo, za katero je 'ponudbo' naredilo slovensko podjetje.

Na portalu MMC manjka ključna črka v imenu firme (piše Gen Planet). Na spletni strani irskega podjetja Gene Planet Limited ima copyright GenePlanet (nikjer ne vidimo velikega E). Nagrado za najboljši poslovni načrt v Sloveniji leta 2008 je dobilo podjetje genEplanet, čeprav so na spletu predstavljeni kot finalisti tekmovanja pod imenom Gene planet d.o.o. (od tam je tudi slika treh ljudi, predvidoma povezanih s podjetjem). Podjetje genEplanet je predstavilo eno od 30 najboljših inovacij na nedavnem Slovenskem forumu inovacij. Marko Bitenc je direktor podjetja genEplanet in predstavnik podjetja Gene Planet ( zurnal24.si), ki se je predstavilo na tem forumu. Hm, na slovenskem forumu se je predstavilo irsko podjetje, nagrado pa je dobilo slovensko (?). Očitno mi predvsem ekonomija ne gre...

Na poslovni načrt ne morem imeti pripomb - zadeva je po tem, kar sem prebral, zastavljena široko in analize, o katerih govorimo, so za ljudi zanimive - če ne bodo predrage, jih bodo tudi naročali. Pomisleke imam samo na tisto 'inovativnost', seveda če ni bila mišljena zgolj tržna inovativnost in samo v Sloveniji, Afriki in na evropskem Vzhodu.

Okapi pravi ...

>in analize, o katerih govorimo, so >za ljudi zanimive


Glavno vprašanje je, kako jih bodo tržili. Bodo ljudem pošteno predstavili nezanesljivost takšnih analiz (v smislu učinkov posameznih genov), ali jih bodo tako ali drugače zavajali, da bi dobili več strank.

O.

Genelitik pravi ...
Avtor je odstranil ta komentar.
andrej pravi ...

@Genelitik: sounds like sour grapes to me :) ce mogoce geneplanetova ideja ni nic novega, je to kar ponujate vi, oprosti izrazu, totalen crap. na vasi spletni strani pisejo take neumnosti, da cloveka kar boli glava.

@Marko Dolinar: kljub veckratnemu branju mi ni uspelo razvozlati kaj je pravzaprav sploh namen tega prispevka. Vse je nekako v slogu "sicer ne vem nic o podjetju ker nikjer nic ne pise, ampak ugibamo lahko...", skratka, brez kakrsnekoli pametne informacije ali ugotovitve. Kot da bi imeli neko hudo zeljo po tem da bi pisali o tem, ampak ne bi imeli cesa za pisat...

Genelitik pravi ...
Avtor je odstranil ta komentar.
Marko Dolinar pravi ...

Andrej, hm, kaj je namen blogov? Z mojim poskušam predstaviti kakšne novosti in zanimivosti ljudem, ki jih vede o življenju zanimajo in morda nestrokovnjakom pomagati razumeti kakšno temo bolj podrobno kot je to v kratkih novicah v drugih virih. Mislim, da sem povzel vse tisto, kar je bilo o podjetju/-ih napisanega na spletu, povedal, kako bodo verjetno analizirali DNA in pokritiziral, da je osebna genomika podjetja - uh, katerega že? - postala ena od najboljših slovenskih (!) inovacij - glede na to, da podjetja, ki opravljajo podobne analize, obstajajo že dalj časa. Ni dovolj za en blog? Če je kdo pričakoval, da sem oglaševalska agencija, se je pač zmotil...
Če (pravih) informacij ni bilo dovolj, to gotovo ni predvsem moj problem, pač pa prej predstavlja podjetje v čudni luči in pušča prostor za dvome, recimo v slogu filma Češke sanje.

Ales pravi ...

Se pa najbrž vsi tukaj strinjamo (upam) da je prenos tovrstnih genomskih analiz direktno k končnemu uporabniku še vedno močno preuranjen. (blago rečeno)

Meni se je zelo zanimivo zdelo tudi naslednje poročilo, ki veliko pove o "zanesljivosti" takih testov.
www.gao.gov/new.items/d06977t.pdf