5. nov. 2008

Trije novi celotni genomi v reviji Nature

V jutrišnji številki revije Nature bodo objavili podatke o določitvi celotnih genomskih zaporedij kar treh ljudi. Doslej sta bila v celoti določena samo dva genoma, genom Craiga Venterja in genom Jamesa Watsona, torej dveh belcev. Tokrat so določili genom Afričana iz plemena Yoruba iz Nigerije in genom Kitajca iz skupine Han, tretji pa je genom pacientke z levkemijo. Za določitev afriškega in azijskega genoma so uporabili novo tehnologijo, pri kateri hkrati določilo le 35 nukleotidov zaporedja (pri klasičnih metodah so v enem postopku določili več sto do tisoč nukleotidov), vendar reakcijo hkrati izvedejo več tisoč reakcij (pri klasičnih metodah do 96 analiz hkrati). Sicer ima novi pristop nekatere slabosti, je pa vsekakor hitrejši in cenejši. Prvi od člankov v ospredju prikazuje značilnosti nove tehnologije, ki jo uporabi na primeru genoma Afričana. Članek ima več kot 160 avtorjev s 6 ustanov. Pri drugem članku pa je poudarek na značilnostih genoma in primerjava z znanima genomoma belcev ter standardnim zaporedjem, ki je končni rezultat projekta Človekov genom. S tem, ko smo dobili podatke o genomih Afričana in Azijca, bo mogoče natančneje ugotoviti, katera mesta v genomu so ključna za razvoj ras in barve kože, hkrati pa bodo postali osnova za določanje polimorfizmov znotraj posameznih populacij in med populaciji na različnih kontinentih.

Tretji genom je genom pacientke, ki je že umrla zaradi akutne levkemije in o tem delu poroča tudi Reuters. Določili so zaporedje genoma zdravih kožnih celic in rakavih celic kostnega mozga iste pacientke ter s primerjavo ugotovili, kateri geni so verjetno pomembni za razvoj bolezni. Dva od teh genov so sicer poznali že od prej, vendar so s sedanjimi rezultati ugotovili, da je verjetno pomembnih skupaj deset genov, ki, če mutirajo, lahko privedejo do razvoja bolezni. Med temi so trije supresorji tumorjev, štirje so pomembni pri rasti celic in eden verjetno vpliva na vnos zdravil v celice.

Ni komentarjev: