3. jul. 2007

Genografski projekt

Z razjasnitvijo človekovega genoma se je delo pravzaprav šele začelo - vsaj danes se včasih tako zdi. Epigenom, genom raka, primerjalna genomika,... zdaj pa se je pojavila še genografija. Gre za povezavo genetskih podatkov z antropološko-geografskimi podatki. Prvi znanstveni članek, ki opisuje začetne rezultate projekta, je izšel 29. junija v reviji PLoS Genetics. V prvem letu in pol, kar (sicer petletni) projekt poteka, so analizirali mitohondrijsko DNA 78.590 ljudi. Podatki so javno dostopni in jih bodo še dopolnjevali. Eden od ciljev projekta je razvrstiti ljudi v haploskupine (z enakimi genetskimi značilnostmi na ravni nukleotidnega zaporedja) in na osnovi mitohondrijskih zaporedij ugotoviti migracijske poti človeka v zgodovini.

V projektu sodeluje 10 raziskovalnih skupin. Morda je zabavno, po svoje pa tudi zanimivo, da lahko v genografskem projektu sodeluje vsakdo. Pogoj je, da kupi 'genografski komplet', ki stane okrog 100 EUR in po pošti pošlje vzorec celic ustne sluznice. V laboratoriju ene od sodelujočih raziskovalnih skupin nato izolirajo DNA in jo analizirajo. Pri ženskah določijo nukleotidno zaporedje hipervariabilne regije 1 mitohondrijske DNA (dolgo je okrog 500 bp) in preverijo še 22 variabilnih mest v kodirajočih regijah mitohondrijske DNA. Pri moških analizirajo lokuse s kratkimi tandemskimi ponovitvami na kromosomu Y in polimorfizme posameznih nukleotidov.

Razlago raziskave predstavlja obvestilo za javnost PLoS. Medijsko in strokovno podporo projektu zagotavlja National Geographic Society, računalniško pa IBM. Kot piše tudi na Wikipediji, pa združenja starih ljudstev (predvsem indijanskih plemen v ZDA) pozivajo k bojkotu projekta. Čeprav brez vzorcev pripadnikov starih ljudstev slika ne bi bila popolna, so doslej baje zbrali že več kot 25.000 vzorcev izvornih prebivalcev posameznih celin.

1 komentar:

Nejc pravi ...

ja, ta genografski projekt je ze kar "stara" zadeva, samo ima glede na nove studije po moje pomankljivosti, ker gleda samo mitohondrijsko DNK oziroma Y kromosom pri moskih. Nove studije ostalih kromosomov (ki so bile donedavna neizvedljive zaradi njihove rekombinacije) kazejo, da je slika ki jo kazeta mitohondrijska DNK in Y kromosom, malo prevec enostavna in je potrebno za celotnejso sliko analizirati tudi ostale kromosome