9. jul. 2007

Razlike med celicami: epigenetski pogled

Nove tehnike za določanje nukleotidnih zaporedij, ki temeljijo na tako imenovanem 'masivno vzporednem' pristopu (gre za desettisoče ali stotisoče reakcij, ki potekajo neodvisno, a hkrati, v pikolitrskih volumnih), omogočajo tudi analizo drugih lastnosti nukleotidnih zaporedij. Tako so ameriški raziskovalci z eno od novih tehnik uspeli natančneje analizirati proteinske oznake na kromosomih. Razporeditev proteinov v kromatinu je namreč v različnih celicah različna. Čeprav so včasih menili, da imajo v kromatinu proteini le vlogo pri kompaktiranju DNA, danes vemo, da imajo proteini - histoni - tudi pomembno regulacijsko vlogo. Zato proteinske oznake predstavljajo eno od epigenetskih značilnosti (za razliko od genetskih, ki pomenijo nukleotidna zaporedja, so epigenetske značilnosti na primer metilacija nukleotidov in razporeditev in modifikacije proteinov, vezanih na DNA).

V raziskavi, ki so jo predčasno objavili na spletni strani revije Nature 1. julija, so primerjali vzorce vezanih proteinov pri treh tipih mišjih celic: embrionalnih izvornih celicah in dveh tipih celic, ki so že delno diferencirane v smeri proti živčnim celicam in proti fibroblastom. Govorijo o kartiranju kromatina in kromatinski pokrajini celotnega genoma, ki daje vpogled v razvoj celice in vsaj delno razloži razlike med različnimi celicami, ki imajo vendarle identično zaporedje nukleotidov v genomu. Gre za način vklapljanja in izklapljanja genov (pravzaprav vključevanje in izključevanje prepisovanja DNA v RNA).

Preiskovali so predvsem trimetilacije posameznih lizinskih ostankov na histonih in ugotovili, da imajo posamezni lizini v strukturi histonov točno določen pomen za razločevanje aktivnih in neaktivnih regij genoma, zato lahko metilacijske oznake na histonih, vezanih na neko zaporedje, predstavljajo kode za razumevanje delovanja kromatina.

Ni komentarjev: