Mogoče se zdi presenetljivo, da so raziskovalci 'razvozlali' genom človeka že pred osmimi (končna verzija pred petimi) leti, prav tako genom prve rastline, navadnega repnjakovca (Arabidopsis thaliana), medtem ko genomov kmetijskih rastlin kot sta koruza in pšenica sploh še ne poznamo. Od kmetijskih rastlin pravzaprav natančno poznamo le genom riža (2002), čeprav bi si lahko s poznavanjem genoma koruze in pšenice precej pomagali pri razvoju novih sort.
Problem pri določanju zaporedja genoma pšenice je predvsem njegova izredna velikost. Človekov genom obsega 2,8 milijarde nukleotidnih parov, genom pšenice pa okrog 17 milijard - torej je okrog šestkrat večji od človekovega in vsebuje 42 kromosomov. Nadaljnji problem je, da je genom pšenice heksaploiden - poenostavljeno rečeno vsak od sedmih kromosomov nastopa v dvakrat treh kopijah, ki pa se med seboj nekoliko razlikujejo. Zato je zelo težko natančno reči, da nek kos zaporedja pripada točno določenemu kromosomu, ne pa eni od ostalih 'kopij'. Razen tega pa je v genomu zelo velik delež ponavljajočih se zaporedij. Samo 3. kromosom je pri pšenici več kot dvakrat večji kot celotni genom riža in zaradi tega ni nenavadno, da je določitev enega od kromosomov pšenice zaslužila objavo v zadnji številki revije Science, o dosežku pa je poročal tudi Reuters. Konec koncev je pšenica glavni vir prehrane za več kot tretjino človeštva. Od treh parov tretjih kromosomov so uspeli določiti zaporedje kromosomu 3B, ki obsega skoraj eno milijardo baznih parov. Dolgo so celo verjeli, da tako kompleksnih genomov sploh ne bo mogoče razvozlati, kar je verjetno tudi razlog, da multinacionalke, ki se ukvarjajo s proizvodnjo semen, v te raziskave niso investirale.
Heksaploidnost je posledica treh pomembnih evolucijskih dogodkov v razvoju današnje pšenice, razlaga najava članka. Najprej je s kombiniranjem dveh celotnih genomov divjih trav nastal prednih pšenic, nato pa je prišlo do vključitve genoma še ene divje pšenice in tako imamo v jedru vsake celice pšenice tri (verjetno precej) kompletne diploidne genome, kromosome in genome pa označujejo s črkami A, B in D.
Nukleotidno zaporedje 3. kromosoma so določili tako, da so kromosom razrezali na dolge kose in jih vstavili v umetne bakterijske kromosome, ki so jih ponovno rezali in določili zaporedja kratkih kosov. Ta delna zaporedja so končno s pomočjo računalniških programov sestavili v tako imenovane 'kontige'. Na kromosomu so določili več kot 1400 molekularnih značilnosti. Čeprav se zdi morda preprosto, je bilo vendarle zelo težko izolirati samo enega (B) od treh variantnih (A, B, D) kromosomov. Pri ločevanju in izolaciji je bil ključen prispevek čeških raziskovalcev iz Olomouca, ki so omogočili ločitev velikih kromosomov z zelo majhnimi razlikami v dolžini.
Prve uporabne raziskave, ki izhajajo iz določitve genoma kromosoma 3B, so usmerjene na razvoj odpornosti proti žitni rji, ki napada pšenico v vzhodni Afriki, razširila pa se je tudi že na Bližnji vzhod.
6. okt. 2008
28. sep. 2008
Izvorne celice s pomočjo adenovirusov
Lani poleti je bila velika novica s področja celične biologije priprava tako imenovanih induciranih pluripotentnih izvornih celic (iPS) s pomočjo retrovirusov, o čemer sem pisal tudi na tem blogu. S postopkom reprogramiranja je namreč mogoče odraslo (diferencirano) celico spremeniti v celico, iz katere se lahko razvijejo številni drugi tipi celic. V odraslo celico je treba vstaviti le zapis za štiri proteine. Retrovirusi imajo to slabo - po svoje pa tudi dobro - lastnost, da se vključijo v kromosomsko DNA, s tem pa zapise za štiri transkripcijske faktorje, ki so pomembni za dediferenciacijo, stabilno vključijo v genom. Izražanje teh genov sprva res povzroči pretvorbo v pluripotentno celico, kasneje pa bi lahko prišlo do spremembe v rakavo celico. To seveda predstavlja veliko oviro za morebitno izkoriščanje iPS za zdravljenje. Zato so raziskovalci iskali drugačen način vnosa in izražanja tistih genov, ki omogočijo celično spremembo.
V četrtkovi izdaji Science Express (spletne novice revije Science, ki pogosto napovedujejo članke v tisku) so objavili, da lahko pri miših iPS-celice dobijo z adenovirusno okužbo na primer kožnih celic. Prednost adenovirusov je, da povzročajo pri ljudeh sorazmerno nenevarne prehlade, predvsem pa je prednost ta, da se geni, ki vstopijo v tarčno celico, ne vključijo v genom, pač pa se izrazijo le prehodno. Proteini torej nastanejo in opravijo svojo funkcijo, ne morejo pa delovati tako dolgo, da bi se celica spremenila v tumorsko.
Novico vzemam po agenciji Reuters.
V četrtkovi izdaji Science Express (spletne novice revije Science, ki pogosto napovedujejo članke v tisku) so objavili, da lahko pri miših iPS-celice dobijo z adenovirusno okužbo na primer kožnih celic. Prednost adenovirusov je, da povzročajo pri ljudeh sorazmerno nenevarne prehlade, predvsem pa je prednost ta, da se geni, ki vstopijo v tarčno celico, ne vključijo v genom, pač pa se izrazijo le prehodno. Proteini torej nastanejo in opravijo svojo funkcijo, ne morejo pa delovati tako dolgo, da bi se celica spremenila v tumorsko.
Novico vzemam po agenciji Reuters.
24. sep. 2008
Jesen je tu
Še za odštevanje dni do začetka semestra ni časa... Naenkrat se je nabral kup seminarjev, kolokvijev in izpitov, sestankov, raziskovalnih rezultatov, ki jih je treba obdelati, ... in med vse to je padlo povabilo revije Emzin, da v naslednjih dveh tednih pripravim prispevek na temo 'Čas' in v njem predstavim, kako na čas gledamo naravoslovci. Nekaj ur sem si vzel za premislek, potem pa privolil, saj je tema prav neverjetna - ali se ne pritožujemo ves čas, da nam zmanjkuje časa? Kako v resnici dojemamo čas in zakaj ga dojemamo tako? Otrok čas ne preganja, kasneje pa nam gre čas vedno hitreje, pri čemer vemo, da - vsaj v grobem - čas mineva fizikalno vedno enako hitro. Danes seveda še ne vem, kaj bo na koncu v članku, se pa po svoje že veselim razmisleka in pisanja. Če bo čas.
Druga na videz nepomembna stvar to jesen je pisanje in pošiljanje raziskovalnega članka v objavo. Po mesecih sestavljanja novega vektorja za izražanje genov v bakterijskih celicah smo zbrali dovolj zanesljivih rezultatov, da smo se odločili napisati članek in ga poslati v uredništvo ene od biotehnoloških revij, da ga ocenijo in, upamo, tudi objavijo. To se res ne sliši prav nič razburljivo, vendar je tokrat novo to, da gre za prvi članek z novega področja dela. Doslej sem vse tiste znanstvene objave, pri katerih pripravi sem pomembno sodeloval, imel s področja, ki so ga nekako zasnovali drugi - če rečem poenostavljeno, sem bil vedno zraven pri delu, ki so se ga izmislili drugi. Tokrat pa je drugače, saj sem si jaz izmislil, kaj bomo naredili - in stvar je uspela. Zdaj pa upamo, da bodo recenzenti razumeli, zakaj je naše delo pomembno in ga bodo objavili.
Pri objavljanju gre vedno za zanimiv postopek izbora ustrezne revije. S področja molekularne biologije v svetu izhaja okrog 250 revij, ki so nekatere bolj, druge manj specializirane za ožja področja, razlikujejo pa se tudi po razširjenosti bralcev in po uglednosti, ki se meri z indeksom citiranosti (faktorjem vpliva). Izbrati je treba ravno prav ugledno revijo s širokim krogom bralcev in z ravno pravo specializacijo (v nasprotnem tvegamo, da urednik reče, da članek ne obravnava področja, ki ga pokriva njegova revija in ga po kratkem postopku zavrne). Zdaj nas čaka verjetno okrog dvomesečno čakanje na mnenje uredništva in recenzentov. To, da bi članek brez pripomb objavili, se zgodi zelo redko, zato smo po navadi avtorji veseli že, če dobimo sporočilo, da bodo članek objavili 'z manjšimi popravki' - kar pomeni, da je treba morda kaj dodatno razložiti, utemeljiti ali komentirati kakšne spregledane rezultate drugih avtorjev. Upajmo, da bo tokrat ostalo pri tem, čeprav se neredko zgodi, da recenzenti zahtevajo dodatne eksperimente, kar pa včasih lahko traja več mesecev, zato v takem primeru avtorji včasih članek raje pošljejo v drugo, manj zahtevno revijo. No, bomo videli, kako bo pri nas. Recimo, da bomo imeli srečo.
Druga na videz nepomembna stvar to jesen je pisanje in pošiljanje raziskovalnega članka v objavo. Po mesecih sestavljanja novega vektorja za izražanje genov v bakterijskih celicah smo zbrali dovolj zanesljivih rezultatov, da smo se odločili napisati članek in ga poslati v uredništvo ene od biotehnoloških revij, da ga ocenijo in, upamo, tudi objavijo. To se res ne sliši prav nič razburljivo, vendar je tokrat novo to, da gre za prvi članek z novega področja dela. Doslej sem vse tiste znanstvene objave, pri katerih pripravi sem pomembno sodeloval, imel s področja, ki so ga nekako zasnovali drugi - če rečem poenostavljeno, sem bil vedno zraven pri delu, ki so se ga izmislili drugi. Tokrat pa je drugače, saj sem si jaz izmislil, kaj bomo naredili - in stvar je uspela. Zdaj pa upamo, da bodo recenzenti razumeli, zakaj je naše delo pomembno in ga bodo objavili.
Pri objavljanju gre vedno za zanimiv postopek izbora ustrezne revije. S področja molekularne biologije v svetu izhaja okrog 250 revij, ki so nekatere bolj, druge manj specializirane za ožja področja, razlikujejo pa se tudi po razširjenosti bralcev in po uglednosti, ki se meri z indeksom citiranosti (faktorjem vpliva). Izbrati je treba ravno prav ugledno revijo s širokim krogom bralcev in z ravno pravo specializacijo (v nasprotnem tvegamo, da urednik reče, da članek ne obravnava področja, ki ga pokriva njegova revija in ga po kratkem postopku zavrne). Zdaj nas čaka verjetno okrog dvomesečno čakanje na mnenje uredništva in recenzentov. To, da bi članek brez pripomb objavili, se zgodi zelo redko, zato smo po navadi avtorji veseli že, če dobimo sporočilo, da bodo članek objavili 'z manjšimi popravki' - kar pomeni, da je treba morda kaj dodatno razložiti, utemeljiti ali komentirati kakšne spregledane rezultate drugih avtorjev. Upajmo, da bo tokrat ostalo pri tem, čeprav se neredko zgodi, da recenzenti zahtevajo dodatne eksperimente, kar pa včasih lahko traja več mesecev, zato v takem primeru avtorji včasih članek raje pošljejo v drugo, manj zahtevno revijo. No, bomo videli, kako bo pri nas. Recimo, da bomo imeli srečo.
7. sep. 2008
Imunski sistem in virus HIV
Ta teden vsi viri (tudi npr. RTV SLO in Reuters), ki sledijo dosežkom v znanosti, omenjajo članek, ki je izšel v reviji Science in v katerem ameriški raziskovalci poročajo, da bi človek verjetno uspel razviti protitelesa proti virusu HIV, če virus ne bi razgradil enega od obrambnih proteinov, APOBEC3.
O HIV-u sem nekaj napisal že lani, ko se je z novim pristopom k zdravljenju okužbe s tem virusom ukvarjala študentska ekipa ljubljanske univerze za tekmovanje iz sintezne biologije (iGEM 2008). Izhajali smo iz tega, da učinkovitega cepiva proti virusu HIV ni mogoče pripraviti zaradi velike hitrosti mutiranja proteinov na površini virusnega delca. Naš pristop je bil originalen, vendar s stališča razvoja zdravila vseeno dokaj kompleksen, saj gensko zdravljenje še ni v taki stopnji razvoja, da bi ga splošno uporabljali.
Tokratna novica je morda pomembna za boj proti virusu HIV, ker izhaja iz podatka, da okuženi ljudje praktično ne izdelujejo protiteles proti virusu, to pa se zgodi, ker virus s svojim sicer omejenim arzenalom lastnih proteinov inaktivira protein APOBEC3. Vsaj poskusi na miših, okuženih z virusom, ki je nekoliko podoben virusu HIV pri človeku, tako kažejo. Če bi uspeli zavreti inaktivacijo APOBEC3, bi imunski sistem sam izdeloval protitelesa proti HIV-u. Recimo, da bi jih bilo dovolj in bi bila zadosti učinkovita za postopno odstranitev virusa - a tega v resnici ni mogoče zagotovo trditi.
APOBEC3 ni nek nov skrivnosten protein. Kratica pomeni po slovensko 'urejevalni kompleks 3 apolipoproteina B', kar verjetno za celotno razumevanje niti ni bistveno. Pri človeku najdemo kar sedem genov APOBEC3, ki so vsi nastali z duplikacijami na 22. kromosomu in nekateri verjetno niti ne zapisujejo za funkcionalne proteine (so torje presvdogeni). Ime so dobili samo zato, ker so precej podobni zapisu za APOBEC1, za katerega pa vedo, da deaminira citidin (C) v uracil (U) in s tem lahko uravnava izražanje nekaterih genov. Težko pa je reči, da to nujno velja tudi za APOBEC3.
Zanimivo je, da je lani izšel članek o vlogi APOBEC3 pri zaviranju razvoja raka mlečne žleze pri miših. Gre za obliko, ki jo povzroča virus, APOBEC pa naj bi s spreminjanjem C v U motil pravilno prepisovanje virusnih genov. Soavtorja tega članka, ki ga je objavila prestižna revija Nature, sta bila tudi Matija Peterlin s Kalifornijske univerze San Francisco in Nika Lovšin z naše Katedre za biokemijo, ki je pri prof. Peterlinu opravljala podoktorski staž. Skratka, izkazalo se je, da verjetno deaminacija ni edina aktivnost proteina APOBEC3 in da ta protein deluje na ravni imunskega odgovora. Učinkovit je bil tudi človeški protein APOBEC3G.
Tokrat so raziskovalci v članku razložili, da je protein APOBEC3 tisti, ki lahko miši zaščiti pred okužbo s Friendovim virusom 3. Nekatere miši so odporne proti temu virusu, ni pa bilo jasno, zakaj. Zdaj so ugotovili, da je odpornost posledica izražanja APOBEC3 in če so ta gen inaktivirali, so miši, ki so bile prej odporne, zbolele. Razen tega so ugotovili, kaj je vzrok občutljivosti na virus: v celicah pride do neobičajnega izrezovanja intronov v mRNA. APOBEC3 v nadaljevanju na nek način deluje na imunski sistem, ki prepreči virusno okužbo.
Kot vidite, gre za še vedno ne v celoti znano pot delovanja, a prvi člen je po večletnih raziskavah vendarle znan. Špekulacije, da bi bilo mogoče na osnovi tega znanja zdraviti retrovirusne okužbe pri človeku, so za zdaj res samo to - špekulacije. Treba bo še veliko dela na miših in na celičnih modelih, preden bo mogoče reči, kako ohraniti polno aktivnost proteina APOBEC v prisotnosti virusa, potem pa sledi še dolga pot razvoja in testiranja morebitnega zdravila.
O HIV-u sem nekaj napisal že lani, ko se je z novim pristopom k zdravljenju okužbe s tem virusom ukvarjala študentska ekipa ljubljanske univerze za tekmovanje iz sintezne biologije (iGEM 2008). Izhajali smo iz tega, da učinkovitega cepiva proti virusu HIV ni mogoče pripraviti zaradi velike hitrosti mutiranja proteinov na površini virusnega delca. Naš pristop je bil originalen, vendar s stališča razvoja zdravila vseeno dokaj kompleksen, saj gensko zdravljenje še ni v taki stopnji razvoja, da bi ga splošno uporabljali.
Tokratna novica je morda pomembna za boj proti virusu HIV, ker izhaja iz podatka, da okuženi ljudje praktično ne izdelujejo protiteles proti virusu, to pa se zgodi, ker virus s svojim sicer omejenim arzenalom lastnih proteinov inaktivira protein APOBEC3. Vsaj poskusi na miših, okuženih z virusom, ki je nekoliko podoben virusu HIV pri človeku, tako kažejo. Če bi uspeli zavreti inaktivacijo APOBEC3, bi imunski sistem sam izdeloval protitelesa proti HIV-u. Recimo, da bi jih bilo dovolj in bi bila zadosti učinkovita za postopno odstranitev virusa - a tega v resnici ni mogoče zagotovo trditi.
APOBEC3 ni nek nov skrivnosten protein. Kratica pomeni po slovensko 'urejevalni kompleks 3 apolipoproteina B', kar verjetno za celotno razumevanje niti ni bistveno. Pri človeku najdemo kar sedem genov APOBEC3, ki so vsi nastali z duplikacijami na 22. kromosomu in nekateri verjetno niti ne zapisujejo za funkcionalne proteine (so torje presvdogeni). Ime so dobili samo zato, ker so precej podobni zapisu za APOBEC1, za katerega pa vedo, da deaminira citidin (C) v uracil (U) in s tem lahko uravnava izražanje nekaterih genov. Težko pa je reči, da to nujno velja tudi za APOBEC3.
Zanimivo je, da je lani izšel članek o vlogi APOBEC3 pri zaviranju razvoja raka mlečne žleze pri miših. Gre za obliko, ki jo povzroča virus, APOBEC pa naj bi s spreminjanjem C v U motil pravilno prepisovanje virusnih genov. Soavtorja tega članka, ki ga je objavila prestižna revija Nature, sta bila tudi Matija Peterlin s Kalifornijske univerze San Francisco in Nika Lovšin z naše Katedre za biokemijo, ki je pri prof. Peterlinu opravljala podoktorski staž. Skratka, izkazalo se je, da verjetno deaminacija ni edina aktivnost proteina APOBEC3 in da ta protein deluje na ravni imunskega odgovora. Učinkovit je bil tudi človeški protein APOBEC3G.
Tokrat so raziskovalci v članku razložili, da je protein APOBEC3 tisti, ki lahko miši zaščiti pred okužbo s Friendovim virusom 3. Nekatere miši so odporne proti temu virusu, ni pa bilo jasno, zakaj. Zdaj so ugotovili, da je odpornost posledica izražanja APOBEC3 in če so ta gen inaktivirali, so miši, ki so bile prej odporne, zbolele. Razen tega so ugotovili, kaj je vzrok občutljivosti na virus: v celicah pride do neobičajnega izrezovanja intronov v mRNA. APOBEC3 v nadaljevanju na nek način deluje na imunski sistem, ki prepreči virusno okužbo.
Kot vidite, gre za še vedno ne v celoti znano pot delovanja, a prvi člen je po večletnih raziskavah vendarle znan. Špekulacije, da bi bilo mogoče na osnovi tega znanja zdraviti retrovirusne okužbe pri človeku, so za zdaj res samo to - špekulacije. Treba bo še veliko dela na miših in na celičnih modelih, preden bo mogoče reči, kako ohraniti polno aktivnost proteina APOBEC v prisotnosti virusa, potem pa sledi še dolga pot razvoja in testiranja morebitnega zdravila.
3. sep. 2008
Virusna okužba preko DNA staršev
Dojenčki včasih dobijo vročino in po tem 'vročinske izpuščaje' in šele pred 16 leti so ugotovili, da ne gre za vročino kar tako, pač pa so ti bolezenski znaki posledica okužbe s virusom herpesa 6 (HHV-6). Za virus pa so menili, da preide z matere na novorojenca preko placente. Izkazalo pa se je, da je pot prenosa največkrat drugačna, sem prebral na spletni strani agencije Reuters.
Kot bo objavljeno v reviji Pediatrics, je virus HHV-6 skrit v kromosomih enega od staršev in tako preide na zarodek. Okuženi morajo biti kromosomi v spolnih celicah - spermijih ali jajčecih, kar pa verjetno ni taka redkost, saj so prisotnost protiteles proti HHV-6 našli praktično pri vseh ljudeh, ki so jih testirali (prisotnost protiteles je znak, da je telo prišlo v stik z virusom oziroma da je bil človek z virusom okužen).
Pri 85 okuženih dojenčkih so raziskali, kako so se okužili in ugotovili, da so se preko starševskih kromosomov okužili skoraj vsi; samo 14 % se jih je okužilo preko placente. Zanimiv je tudi podatek, da se je virus v kromosome vključil v bližini koncev, telomerov.
Sistem prenosa virusov na potomce preko DNA je bil doslej znan samo pri endogenih retrovirusih, ki pa ne povzročajo bolezenskih znakov in ne sprožijo imunskega odgovora.
Samo to, da novorojenec na svet prinese virus HHV-6, morda še ne pomeni, da se bo virus tudi v resnici aktiviral in povzročil bolezen, zato bo treba okužene dojenčke spremljati še naprej in ugotoviti, ali in če, kako, pride do aktivacije virusov, ki so vključeni v DNA.
Kot bo objavljeno v reviji Pediatrics, je virus HHV-6 skrit v kromosomih enega od staršev in tako preide na zarodek. Okuženi morajo biti kromosomi v spolnih celicah - spermijih ali jajčecih, kar pa verjetno ni taka redkost, saj so prisotnost protiteles proti HHV-6 našli praktično pri vseh ljudeh, ki so jih testirali (prisotnost protiteles je znak, da je telo prišlo v stik z virusom oziroma da je bil človek z virusom okužen).
Pri 85 okuženih dojenčkih so raziskali, kako so se okužili in ugotovili, da so se preko starševskih kromosomov okužili skoraj vsi; samo 14 % se jih je okužilo preko placente. Zanimiv je tudi podatek, da se je virus v kromosome vključil v bližini koncev, telomerov.
Sistem prenosa virusov na potomce preko DNA je bil doslej znan samo pri endogenih retrovirusih, ki pa ne povzročajo bolezenskih znakov in ne sprožijo imunskega odgovora.
Samo to, da novorojenec na svet prinese virus HHV-6, morda še ne pomeni, da se bo virus tudi v resnici aktiviral in povzročil bolezen, zato bo treba okužene dojenčke spremljati še naprej in ugotoviti, ali in če, kako, pride do aktivacije virusov, ki so vključeni v DNA.
13. avg. 2008
Prvi podatki o slovenski ekipi za iGEM2008
Letošnja študentska ekipa za tekmovanje iz sintezne biologije iGEM2008 je na spletu predstavila prve podatke, tako da vemo, kdo so člani ekipe in s čim se ukvarjajo to poletje.
Ekipa je tokrat bolj interdisciplinarna kot v preteklih dveh letih, saj jo sestavljajo študenti štirih študijskih programov: Biokemije (Katja Kolar iz 3. letnika, ki je sodelovala že v lanski ekipi, ter Jan Lonzarič iz 3. letnika in Vid Kočar iz 2. letnika - oba sta najboljša študenta v svojem letniku), Mikrobiologije (Jerneja Mori iz 4. letnika), Biotehnologije (Eva Čeh in Anže Smole iz 3. letnika) in Medicine (Ana Lasič iz 4. letnika).
Tudi tokrat se bodo tekmovalci lotevali problema, povezanega z zdravjem. Po sepsi (2006) in AIDS-u (2007) so letos poiskali problem, ki je morda še bolj relevanten: okužba z bakterijo Helicobacter pylori. Čeprav je znano, da lahko povzroči želodčno razjedo, lahko privede tudi do raka na želodcu ali dvanajstniku. Okužbo danes zdravijo s kombinacijo antibiotika in zaviralca protonske črpalke. Slednji zmanjšuje proizvodnjo želodčne kisline. Problem tovrstnega zdravljenja je predvsem visoka cena in nekateri stranski učinki, zato se je ekipa odločila, da bi pripravili cepivo proti bakteriji, ki jo najdemo v povprečju pri vsakem drugem prebivalcu našega planeta.
V evoluciji je H. pylori razvila celo vrsto obrambnih mehanizmov, ki bakterijo skrijejo pred delovanjem imunskega sistema. Zato je naloga, ki so si jo izbrali v letošnji slovenski ekipi, zelo zahtevna. Ker je cilj tekmovanja priprava genetsko zasnovanih strojev, bo šlo očitno za nov pristop k zdravljenju. V mentorski ekipi sta tokrat ob prof. Jerali s Kemijskega inštituta in Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo še profesorja Simon Horvat z Oddelka za zootehniko Biotehniške fakultete in prof. Alojz Ihan s Medicinske fakultete. Podatke o opravljenem delu lahko pričakujemo v oktobru, saj je srečanje ekip s predstavitvami na vrsti prvi teden v novembru. Wiki-stran slovenske ekipe zaenkrat še ne vsebuje veliko podatkov, gotovo pa jo bodo postopno zapolnili z razlagami in rezultati.
Ekipa je tokrat bolj interdisciplinarna kot v preteklih dveh letih, saj jo sestavljajo študenti štirih študijskih programov: Biokemije (Katja Kolar iz 3. letnika, ki je sodelovala že v lanski ekipi, ter Jan Lonzarič iz 3. letnika in Vid Kočar iz 2. letnika - oba sta najboljša študenta v svojem letniku), Mikrobiologije (Jerneja Mori iz 4. letnika), Biotehnologije (Eva Čeh in Anže Smole iz 3. letnika) in Medicine (Ana Lasič iz 4. letnika).
Tudi tokrat se bodo tekmovalci lotevali problema, povezanega z zdravjem. Po sepsi (2006) in AIDS-u (2007) so letos poiskali problem, ki je morda še bolj relevanten: okužba z bakterijo Helicobacter pylori. Čeprav je znano, da lahko povzroči želodčno razjedo, lahko privede tudi do raka na želodcu ali dvanajstniku. Okužbo danes zdravijo s kombinacijo antibiotika in zaviralca protonske črpalke. Slednji zmanjšuje proizvodnjo želodčne kisline. Problem tovrstnega zdravljenja je predvsem visoka cena in nekateri stranski učinki, zato se je ekipa odločila, da bi pripravili cepivo proti bakteriji, ki jo najdemo v povprečju pri vsakem drugem prebivalcu našega planeta.
V evoluciji je H. pylori razvila celo vrsto obrambnih mehanizmov, ki bakterijo skrijejo pred delovanjem imunskega sistema. Zato je naloga, ki so si jo izbrali v letošnji slovenski ekipi, zelo zahtevna. Ker je cilj tekmovanja priprava genetsko zasnovanih strojev, bo šlo očitno za nov pristop k zdravljenju. V mentorski ekipi sta tokrat ob prof. Jerali s Kemijskega inštituta in Fakultete za kemijo in kemijsko tehnologijo še profesorja Simon Horvat z Oddelka za zootehniko Biotehniške fakultete in prof. Alojz Ihan s Medicinske fakultete. Podatke o opravljenem delu lahko pričakujemo v oktobru, saj je srečanje ekip s predstavitvami na vrsti prvi teden v novembru. Wiki-stran slovenske ekipe zaenkrat še ne vsebuje veliko podatkov, gotovo pa jo bodo postopno zapolnili z razlagami in rezultati.
5. avg. 2008
Učitelji mojih učiteljev
Slovensko biokemijsko društvo letos praznuje 25-letnico delovanja (čeprav so se biokemiki že prej združevali v Biokemijski sekciji Slovenskega kemijskega društva). Ob tej priložnosti bo društvo izdalo brošuro s podatki o dosedanjem delovanju in uspehih, upamo pa tudi na kakšne spomine 'iz prve roke'. Biokemija pri nas pa se seveda ni začela z ustanovitvijo društva, zato sem se odločil zbrati nekatere podatke o tem, od koga so se biokemije učili naši učitelji biokemije. Čeprav je težko potegniti ločnico med kemijo naravnih spojin, organsko kemijo in biokemijo pred letom 1955, so bili podatki o generaciji biokemikov, rojeni pred letom 1925, zelo zanimivi. Čeprav se zdijo raziskave z današnjega stališča morda primitivne, so se biokemiki že v petdesetih letih izpopolnjevali v tujini, mnogi učitelji pa so začeli svojo strokovno pot v industriji in na raziskovalnih inštitutih.
Kdo je začetnik slovenske biokemije je seveda težko reči. Morda bi lahko za začetnika vendarle šteli Maksa Samca, ki je bil prvi predavatelj kemije na ljubljanski univerzi, precej svojega raziskovalnega dela pa je posvetil polisaharidu škrobu. Tudi prvi doktorat, ki ga je podelila Univerza v Ljubljani, je bil iz (bio)kemije in morda ni širše znano, da je prva doktorirala Anka Mayer iz kemije - že 15. julija 1920, torej manj kot eno leto po tem, ko je bila univerza ustanovljena. Naslov njenega doktorata je bil "O učinkovanju formalina na škrob".
V Wikipediji sem zbral več biografij in bibliografij prve generacije biokemikov v Sloveniji in vas vabim, da si jih preberete in ustvarite svoje mnenje o tem, kakšna so bila prva desetletja biokemije pri nas.
Maks Samec (1881 - 1964)
Riko Repič (1910 - 2003)
Dušan Stucin (1915 - 1976)
Igor Belič (1919 - 1999)
Savo Lapanje (1925 - 1997)
Kdo je začetnik slovenske biokemije je seveda težko reči. Morda bi lahko za začetnika vendarle šteli Maksa Samca, ki je bil prvi predavatelj kemije na ljubljanski univerzi, precej svojega raziskovalnega dela pa je posvetil polisaharidu škrobu. Tudi prvi doktorat, ki ga je podelila Univerza v Ljubljani, je bil iz (bio)kemije in morda ni širše znano, da je prva doktorirala Anka Mayer iz kemije - že 15. julija 1920, torej manj kot eno leto po tem, ko je bila univerza ustanovljena. Naslov njenega doktorata je bil "O učinkovanju formalina na škrob".
;void(0);){kind=link}
V Wikipediji sem zbral več biografij in bibliografij prve generacije biokemikov v Sloveniji in vas vabim, da si jih preberete in ustvarite svoje mnenje o tem, kakšna so bila prva desetletja biokemije pri nas.
Maks Samec (1881 - 1964)
Riko Repič (1910 - 2003)
Dušan Stucin (1915 - 1976)
Igor Belič (1919 - 1999)
Savo Lapanje (1925 - 1997)
Naročite se na:
Objave (Atom)