Predvčerajšnjim je v reviji PLoS Biology izšel članek z naslovom "Določitev naddružin za proteom kvasovke s povezavo napovedi zgradbe in ontologije genov". Genom kvasovke Saccharomyces cerevisae je znan že več kot 10 let. Vsebuje 12 milijonov baznih parov in zapisuje za manj kot 6000 proteinov. Seveda vsem proteinom še niso uspeli določiti prostorske strukture in v resnici niti še ni za vse jasno, kakšna je njihova vloga v celici.
Danski raziskovalci so v omenjenem članku opisali, kako so na osnovi aminokislinskih zaporedij proteinov (ta so dobili tako, da so prevedli nukleotidna zaporedja kodirajočih delov genoma) določili proteinske domene, ki se najverjetneje zvijejo samostojno. Takih domen je v proteomu kvasovke skoraj 15.000. Za mnoge od njih so s primerjavo aminokislinskih zaporedij z zaporedji proteinov z znano prostorsko strukturo določili, kako se najverjetneje zvijejo, za mnoge domene pa to ni bilo mogoče, saj so se preveč razlikovale. S temi so ob uporabi nove metode za predpostavljanje zgradbe de novo (samo na osnovi aminokislinskih zaporedij) prišli do rezultatov o verjetni tridimenzionalni strukturi, ki pa sami po sebi niso bili dovolj zanesljivi. Zato so za te primere natančno pregledali vse dostopne podatke o njihovi biološki aktivnosti, lokalizaciji in celični funkciji. S kombinacijo obeh pristopov so lahko bolj natančno določili, v katero družino evolucijsko sorodnih proteinov spada katera domena.
Seveda bodo šele s poskusi na izoliranih proteinih lahko potrdili ali ovrgli pravilnost uporabljenih postopkov za določitev naddružin. Ob tem pa se bo tudi pokazalo, ali lahko enak pristop uporabijo tudi v drugih primerih.
Akademski urednik za objavo članka v reviji PLoS Biology je bil Andrej Šali, eden v svetu najbolj znanih slovenskih biokemikov, ki zdaj dela na Kalifornijski univerzi v San Franciscu.
Kratek povzetek originalnega članka so včeraj objavili tudi na straneh ScienceDaily.
Ni komentarjev:
Objavite komentar