V reviji Molecular Ecology Notes so objavili članek, v katerem je opisan sistem za katalogiziranje in urejanje značilnih zaporedij DNA, ki naj bi omogočali razlikovanje med živalskimi vrstami. Naslov članka je "Podatkovni sistem črtnih kod življenja", sistem pa ima tudi svojo spletno stran (Barcode of Life Data System).
Čeprav avtorji tokrat predvsem opisujejo računalniški vmesnik in možnosti, ki jih sistem omogoča, pa je zanimivo predvsem to, da so na osnovi analiz DNA nekaterih vrst ptic ugotovili, da imajo (skoraj) identično DNA in da v resnici najbrž sploh ne gre za ločene vrste. Podobno analizo so opravili tudi na netopirjih. Po drugi strani so na osnovi zaporedij DNA predpostavili obstoj nekaterih novih vrst.
Konzorcij za črtne kode življenja so ustanovili leta 2004 in danes vključuje že več kot 120 inštitucij, ki so si zadale za cilj, da bi do leta 2024 izdelali knjižnico črtnih kod DNA za vsa evkariontska živa bitja na Zemlji. Do leta 2012 načrtujejo, da bi bila dokončana zbirka podatkov za ribe in ptiče. Celotna banka podatkov za živalski svet naj bi vključevala 100 milijonov zapisov in po količini podatkov s tem skoraj za dvakrat presegla današnji obseg banke nukleotidnih zaporedij GenBank.
Trenutno črtno kodo DNA sestavijo na osnovi segmenta (645 bp) nukleotidnega zaporedja gena za citokrom-oksidazo I (COI), saj se je v predhodnih analizah pokazalo, da so pri 95 % vrst v tej regiji obstajale razlike in so identična zaporedja opazili le pri vrstah, ki so si verjetno filogenetsko zelo sorodne.
V spletnih agencijskih virih največ pozornosti namenjajo odkritjem, ki pravzaprav niso opisana v tem članku, se pa nanašajo na projekt črtnih kod DNA. Raziskovalci so analizirali DNA 643 različnih ptičev, ki živijo v Severni Ameriki in ugotovili, da je črtna koda DNA pri 15 tipih na videz enakih ptičev (enako oglašanje, enak habitus, enak način letenja,...) različna in morda predstavljajo nove vrste. Tudi pri analizi 87 vrst netopirjev, ki živijo v Gvajani, so našli 6 morda novih vrst. Kot kriterij morda nove vrste so vzeli razliko v zaporedju, ki je vsaj 2,5 % nukleotidnega zaporedja. (Mimogrede: razlika med človekom in šimpanzom je 1,2 %, če govorimo o razliki med posameznimi nukleotidi [SNP], oziroma 2,7 % na ravni celotnega genoma, torej vključno s premestitvami, delecijami in insercijami.) Po drugi strani so analize pokazale, da so doslej imeli nekatere vrste ptičev za različne, na osnovi DNA pa so predpostavili, da pripadajo isti vrsti ali pa vsaj, da gre za evolucijsko zelo mlade vrste. Tako je na primer črtna koda DNA pri črnokljuni in rumenokljuni sraki 98,6-odstotno identična (v Evropi živi samo ena vrsta, sraka, in zna biti, da gre v resnici za isto vrsto kot sta ameriški 'dve').
Klasična definicija vrste se nanaša na sposobnost medsebojne ploditve, vendar je to zelo težko preverjati, zato bi si raziskovalci želeli postaviti bolj kvantitativne kriterije.
Glede na to, da so doslej v sistem črtnih kod življenja vključena le zaporedja enega segmenta enega samega gena, so morda navedeni podatki o novih vrstah vendarle nekoliko preuranjeni. Za analizo črtnih kod 500.000 različnih živali bi rabili v naslednjih 7 letih skoraj 100 milijonov ameriških dolarjev. Z rezultati bi bilo bistveno lažje in bolj zanesljivo pripisati nek vzorec iz okolja točno določeni vrsti, kar je pomembno iz naravovarstvenega in ekološkega stališča. Verjetno pa bi bilo treba postopno vključiti še katero od variabilnih regij genoma.
Ni komentarjev:
Objavite komentar